Begrenzung des Speichers, den das Rasterpaket in R verwendet?

Was ist der einfachste Weg, um den Speicher, den das rasterPaket verwendet, Rauf 5 GB RAM zu beschränken?

Idealerweise möchte ich, dass jedes Raster, das diese Größe überschreitet, auf die Festplatte geschrieben und aus einer temporären Datei analysiert wird.

Ich verwende Windows 7 (64 Bit) und R Version 3.0.3.

Hier ist ein Code, mit dem ich auf einem Computer mit 16 GB RAM gespielt habe, der aber immer wieder maximal ist, da ich es mit großen Rastern zu tun habe:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

In diesem Stadium des Skripts steigt die RAM-Auslastung auf alle 16 GB, funktioniert dann nicht mehr und bricht die Funktion ab.

Was muss ich hier ändern?

Sie müssen die Raster in Stücken anstatt auf einmal einlesen. Siehe insbesondere die Dokumentation zum Rasterpaket - Schreiben von Funktionen für große Rasterdateien .