"Nicht-Null-Exit-Status" R 3.0.1 'XML' und 'RCurl'

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Ich habe einige Probleme bei der Installation von XML und RCurl auf meinem Ubuntu-Computer 13.10. Ich habe heute alle Sudo-Updates und Upgrades durchgeführt.

Ich versuche, Rassel für R zu verwenden. Ich kann 'XML' nicht installieren, das für die Verwendung von Rassel erforderlich ist. Dies ist so ziemlich die gleiche Frage, die hier nur ein Jahr später gestellt wurde, und ein anderes Betriebssystem. Hier sind die Fehlermeldungen, die ich zurück bekomme:

> install.packages("RCurl")
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 850 Kb

* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RCurl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpUwBkbS/downloaded_packages’
> install.packages("XML")
Installing package into ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 1.5 Mb

* installing *source* package ‘XML’ ...
** package ‘XML’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... 
rm: cannot remove 'a.out.dSYM': Is a directory
a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/steven/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/XML’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpUwBkbS/downloaded_packages’

Ich bin mir nicht sicher, wie ich von hier aus vorgehen soll.

MCP_infiltrator
quelle
11
Haben Sie Curl und XML unter Linux installiert? Führen Sie sudo apt-get install libcurl4-openssl-devund sudo apt-get install libxml2-dev.
jdharrison
Es ist wichtig, die Entwicklungsbibliotheken für R zu installieren. Möglicherweise haben Sie diese Option nicht ausgewählt (und Sie haben sich entschieden, eine veraltete Version zu installieren, um zu booten).
IRTFM
@jdharrison Ich habe diese Befehle nicht ausprobiert, ich werde sie ausprobieren, wenn ich heute Abend nach Hause komme.
MCP_infiltrator
@IShouldBuyABoat Ich wusste nicht, dass ich die Entwicklungsbibliotheken für R installieren muss. Ich habe 3.0.1 installiert, als ich Ubuntu von 13.04 auf 13.01 aktualisiert habe. Ich habe es einfach über das Software Center installiert.
MCP_infiltrator
@jdharrison, der das Problem gelöst hat, so dass Sie es als Antwort auflisten können und ich werde es akzeptieren, danke.
MCP_infiltrator

Antworten:

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So installieren Sie Curl und XML unter Ubuntu. Lauf

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

Die Fehlermeldungen bei der Paketinstallation in R zeigen an, dass die Curl- und XML-Bibliotheken nicht vorhanden sind oder nicht gefunden werden können.

jdharrison
quelle
oder libcurl4-gnutls-devwird als Alternative zu arbeiten libcurl4-openssl-dev. Siehe auch askubuntu.com/a/428379/17060
michael
Ich arbeite in der WSL mit R unter Ubuntu 16.04. Dieser Befehl an der Bash-Eingabeaufforderung hat mein Problem apt-get install libssl-dev
behoben
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In CentOS 6+ können Sie dies mit tun

sudo yum -y install curl
sudo yum -y install libcurl libcurl-devel
sudo yum -y install libxml2 libxml2-devel
Jijo
quelle
8
Sie brauchen auchsudo yum -y install libxml2 libxml2-devel
xbsd
Die ersten beiden Befehle genügten mir, als ich "h2o" installierte
Bas
2

Für diejenigen, die nicht mit yumoder installieren können apt-get, teile ich meine Erfahrungen:

Ich habe libcurl-openssl-devmich selbst installiert, indem ich den Quellcode heruntergeladen und kompiliert habe. Ich bin trotzdem auf das Cannot find curl-configProblem gestoßen ... Ich wusste nicht, was ich tun sollte, bis ich mir den RCurl-Quellcode angesehen und festgestellt habe, dass auf eine CURL_CONFIGUmgebungsvariable verwiesen wird. Ich habe versucht, dies selbst in meine zu setzen, .bashrcund es scheint funktioniert zu haben:

export CURL_CONFIG=~/my/libcurl/curl-config

kjohnsen
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0

für Ubuntu 18.05 manchmal Repository mit Problemen wie unten ausgeführt

Fügen Sie das folgende Repository in der sudoedited-Zeile hinzu

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main

sudoedit /etc/apt/sources.list 
sudo apt-get update
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev --fix-broken
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-deve
Mahendra
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