Veranstaltungsorte für Veröffentlichungen, in denen der Schwerpunkt auf Software liegt

Software ist ein grundlegender Bestandteil der Computerwissenschaft und wird zunehmend als wesentlicher Bestandteil der wissenschaftlichen Aufzeichnungen anerkannt. In Anbetracht des Nutzens von vorhandenem und erprobtem Code erscheint es sinnvoll, die Existenz nützlicher Codes so weit wie möglich zu kommunizieren und ihre Urheber zu würdigen. In einem akademischen Umfeld bedeutet dies, einige Artikel zu veröffentlichen, die sich hauptsächlich auf Software konzentrieren.

Wo kann man wissenschaftliche Arbeiten veröffentlichen, deren Hauptaugenmerk auf Computersoftware liegt? Um es ganz klar zu sagen, ich beziehe mich auf Arbeiten, die möglicherweise keine neuen Mathematiken, Algorithmen usw. enthalten - sie konzentrieren sich wirklich auf Software.

Ich wäre auch daran interessiert, von denen zu hören, die solche Artikel in diesen Zeitschriften eingereicht haben, wie die Erfahrung war und welche Veranstaltungsorte sie empfehlen.

Zusammenfassung der gegebenen Antworten:

• Transaktionen mit mathematischer Software
• Wissenschaftliche Programmierung
• SIAM Journal on Scientific Computing (SISC) Softwareabteilung
• Das Archiv für Numerische Software
• Offene Forschungsberechnung
• Computerphysik-Kommunikation
• Fortschritte in der Engineering-Software
• Journal of Statistical Software
• Zeitschrift für chemische Theorie und Berechnung
• Quellcode für Biologie und Medizin
• Plus eins
• Internationale Zeitschrift für Quantenchemie
• Epidemiologie
• Informatik in Wissenschaft und Technik
• Zeitschrift für Computerchemie
• Geowissenschaftliche Modellentwicklung
• Zeitschrift für maschinelles Lernen
• Mathematische Programmierberechnung
• Zeitschrift für Open Source Software

Es gibt einige andere anwendungsspezifische Journale, die aufgelistet werden müssen: Journal of Computational Physics oder Computer Physics Communications , in denen sowohl Artikel über Algorithmen als auch über die zu ihrer Implementierung verwendete Software enthalten sind. Wenn Sie auf dem Gebiet der Chemie tätig sind, ist das Journal of Chemical Theory and Computation möglicherweise ein weiteres zu berücksichtigendes Journal. All dies ermöglicht die Veröffentlichung von Paketen - ich habe Codes gesehen, die ich in ihnen besprochen habe. Computer und Chemieingenieurwesen erlauben Software-Implementierungspapiere, aber sie müssen etwas Originelles tun - es kann kein "inkrementeller Fortschritt" sein.

Die Fortschritte in der Entwicklungssoftware sind gut und die Anwendungen variieren ziemlich stark.

Das Journal of Statistical Software ist ein weiteres, das sich auf Software konzentriert, jedoch anwendungsspezifisch ist. Viel R in diesem.

Ich sollte hinzufügen, dass ich in keinem dieser Artikel etwas veröffentlicht habe, daher kann ich mit dieser Erfahrung nicht sprechen, aber ich folge ihnen und finde, dass die Artikel von guter Qualität sind.

Ich habe ein paar Softwarepapiere veröffentlicht. Einer davon war BMC Source Code in Biology and Medicine - Das Multiscale Systems Immunology-Projekt: Software für die zellbasierte immunologische Simulation und PLoS ONE - SNPpy - Datenbankmanagement für SNP-Daten aus Genome Wide Association Studies .

Dies sind zwei sehr unterschiedliche Projekte. Ersteres ist ein auf Simulationsagenten basierendes System, das für Modellimmunologiesysteme geschrieben wurde und daher zur Computational Biology gehört. Letzteres ist ein datenbankbasiertes System zur Verwaltung von SNP-Daten in einem GWAS-Kontext und gehört somit zur Bioinformatik.

Was die Veröffentlichungserfahrung angeht, war die Wartezeit im Vergleich zu mathematischen Papieren gering, was gut war. Die Kritiker haben es mir nicht schwer gemacht, was auch gut war. Auf der anderen Seite ist das Veröffentlichen eines Softwarepapiers wahnsinnig zeitaufwändig. Sie haben ein Dokument und eine Codebasis, mit der Sie sich befassen müssen, ganz zu schweigen von Benutzerdokumentationen.

Eine Sache, die mich beunruhigte, war, dass ich kaum Beweise dafür sah, dass die Prüfer sich tatsächlich bemüht hatten, die Software auszuführen, und keine Beweise dafür, dass sie das Code-Design verstanden oder sich den Code sogar angesehen hatten. Beide oben genannten Zeitschriften hatten jeweils zwei Gutachterberichte. Im ersten Fall (BMC) gab ein Prüfer an, er habe versucht, die Software zu installieren / auszuführen, und sei fehlgeschlagen (ein Problem, das wir angesprochen hatten). Von den vier Überprüfungen war dies jedoch die einzige, die speziell etwas über die eigentliche Software erwähnte. Die meisten Kommentare waren allgemeiner, bezogen sich auf wissenschaftliche Fragen und auf Punkte, die ich in der Arbeit angesprochen hatte. Insgesamt hatte ich das Gefühl, dass die Rezensenten die Zeitung größtenteils gerade gelesen hatten. In einer idealen Welt hätte ein Rezensent ein gewisses Interesse an Software-Design und Code-Details, einschließlich Fragen wie Leistung, Abhängigkeiten, Portabilität, Erweiterbarkeit und Testen. Die Gutachter für SNPpy fragten nach Portabilität und Erweiterbarkeit. Wie ich in der Zeitung behauptet hatte, die Software sei sowohl portabel als auch erweiterbar, aber ich glaube nicht, dass sie sich den Code tatsächlich ansah. Fairerweise ist es harte Arbeit, eine Vorstellung davon zu bekommen, worum es bei einer nicht-trivialen Codebasis geht, und vielleicht mehr, als man von einem unbezahlten Rezensenten vernünftigerweise erwarten kann.

Für beide Papiere habe ich LaTeX verwendet. Im PLoS-Fall war dies mit einer Menge Sprüngen durch die Rahmen verbunden, damit das Manuskript so aussah, wie sie es wollten, da sie LaTeX nicht wirklich verwendeten und ein Konvertierungsprogramm ausführten. PLoS hat ein Durcheinander beim Konvertieren meiner Zahlen gemacht, die mit TikZ erstellt wurden und sehr nett waren, aber Sie würden es nicht wissen, wenn Sie sich ihre Version ansehen. Es ist auch erwähnenswert, dass PLoS keine Manuskriptnachweise liefert.

Das Journal of Computational Chemistry (Fachartikel) und das International Journal of Quantum Chemistry berichten über Software und Algorithmen.

Zwei, die ich auf dieser Liste noch nicht gesehen habe und die irgendwann für jemanden außer mir von Interesse sein könnten, sind das American Journal of Epidemiology and Epidemiology .

Wenn Sie eine clevere Software geschrieben haben, um etwas zu erreichen, das Epidemiologen interessieren, können sie diese sehr gut veröffentlichen. Ich habe kürzlich zumindest kurze Artikel über SAS-Makros gelesen, in denen eine etwas komplexere statistische Analyse durchgeführt wurde, ein Programm, das eine Join-Point-Regression durchführt, und eines, das einige feldspezifische Dinge mit gerichteten azyklischen Diagrammen ausführt.

Es stellte sich heraus, dass eine der genannten Publikationen in der Epidemiologie veröffentlicht wurde : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Keine der von mir vermuteten Zeitschriften sagt , dass sie nach Artikeln über Software suchen - was ist, wenn man feldspezifische Zeitschriften in einer Disziplin ist, die keine Software ist, aber eine Analyse einschließlich Software ist keine Seltenheit, und der Link ist ein Beispiel für eine Artikel, der sich ausschließlich auf ein Softwareprodukt konzentriert.

AJE:

Beiträge zur praktischen Anwendung epidemiologischer oder statistischer Methoden (wie die Implementierung statistischer Techniken oder die Evaluierung von Interviewstrategien) werden in einem Abschnitt mit dem Titel Praxis der Epidemiologie veröffentlicht.

Epidemiologie: Der obige Artikel wurde als Brief veröffentlicht. Sie akzeptieren auch Software-Reviews, wenn Sie einen freundlichen Kollegen oder jemanden auf dem Gebiet haben, der interessiert sein könnte.

Ich weiß, dass sie elektronische Ergänzungen mit Code fördern, und ich habe dort zumindest einen Link zu einem Github-Repository überprüfen lassen.

Geowissenschaftliche Modellentwicklung ist eine Open-Access-Zeitschrift für diesen Zweck. Wie andere Zeitschriften der Europäischen Geophysikalischen Union hat es einen offenen Überprüfungsprozess .

Das Journal of Machine Learning Research (JMLR) hat einen Track zum Thema "Maschinelles Lernen von Open Source-Software". Es ist ziemlich selektiv (was ich für eine gute Sache halte). Die Zeitschrift ist kostenlos (für Autoren und Leser) und wird von Freiwilligen geführt.

Die Mathematical Optimization Society hat kürzlich das Journal herausgebracht

Mathematische Programmierberechnung

Aus ihren "Zielen und Geltungsbereich":

Mathematical Programming Computation (MPC) veröffentlicht originale Forschungsartikel zu rechnerischen Fragen der mathematischen Optimierung. Artikel berichten über innovative Software, Vergleichstests, Modellierungsumgebungen, Datenbibliotheken und / oder Anwendungen. Ein Hauptmerkmal der Zeitschrift ist die Einbeziehung von begleitender Software und Daten mit eingereichten Manuskripten.

Zu den Themen schreiben sie:

In MPC behandelte Themen umfassen lineare Programmierung, konvexe Optimierung, nichtlineare Optimierung, stochastische Optimierung, robuste Optimierung, ganzzahlige Programmierung, kombinatorische Optimierung, globale Optimierung, Netzwerkalgorithmen und Modellierungssprachen.

Informatik in Naturwissenschaften und Technik ist eine weitere Option. Es ist eine Mischung aus einer wissenschaftlichen Zeitschrift (mit referierten Artikeln) und einer Zeitschrift (mit nicht referierten regelmäßigen Kolumnen). Es veröffentlicht Artikel, die seine Leser wahrscheinlich interessant finden. Ein Artikel über Software sollte daher interessantes Material enthalten, z. B. über bestimmte Techniken, die für ein breiteres Publikum als die Software selbst nützlich sind.

Ich möchte vielleicht hinzufügen, dass ich Mitglied der Redaktion dieses Magazins bin.

Wissenschaftliches Programmieren ist eine Option, die es ermöglicht, sich auf die Programmiertechniken zu konzentrieren, die beim Schreiben wissenschaftlicher Software angewendet werden. (Offenlegung: Ich bin im Editorial Advisory Board.)

Es gibt einige anwendungsspezifische Zeitschriften

Computer & Geowissenschaften, Computer & Flüssigkeiten, Computer & Strukturen,

etc.