Ich habe ein lsmeans-Problem in R. Ich möchte eine Post-hoc-Analyse einer Interaktion durchführen, ähnlich den Beispielen in der lsmeans-Dokumentation.
Ich bin verwirrt darüber, dass die p-Werte gleich sind, ob ich sie benutze
warp.lm <- lm(breaks ~ wool * tension, data = warpbreaks)
(EIN):
lsmeans(warp.lm, list(pairwise ~ wool|tension, pairwise ~ tension|wool))
oder (B):
lsmeans(warp.lm, list(pairwise ~ wool|tension))
Sollten die p-Werte bei (A) nicht höher sein als bei (B)? (A) führt 9 Post-hoc-Vergleiche durch, (B) nur 3.
Kann ich sicher sein, dass (A) für alle 9 Vergleiche angepasst ist?
Vielen Dank!
pairs
, um die gewünschten Kontraste zu erhalten. Lesen Sie die Vignette "using-lsmeans" für einige Beispiele und Diskussionen.Antworten:
Beide
lsmeans
Anweisungen, die Sie anzeigen, generieren Listen vonlsmobj
s, und jedes Element dieser Listen wird separat behandelt. Wenn Sie eine Gesamtanpassung für zwei oder mehr Listen zusammen vornehmen möchten, ist dies technisch und erfordert ein wenig Arbeit.Speichern Sie zunächst die Liste:
Dies erstellt eine Liste von 4
lsmobj
s (ursprünglich zwei Listen von zwei)Der Benutzer möchte die drei Vergleiche
lsmlist[[2]]
mit den sechs in kombinierenlsmlist[[4]]
und eine Gesamtmultiplizitätsanpassung für diese 9 Vergleiche vornehmen.Erstellen Sie zunächst
lsmobj
aus einem der Ergebnisse ein neues und korrigieren Sie es.Verbinden Sie zunächst die linearen Funktionen für die beiden Vergleichssätze:
Wir müssen auch den
grid
Schlitz definieren, der die mit jeder linearen Funktion verbundenen Faktoren definiert. Um es einfach zu machen, definiere ich einfach einen Faktorcontrast
mit 9 Ebenen für die 9 Kontraste (hier könnte etwas ausgefalleneres getan werden).Korrigieren Sie abschließend die Zusatzinformationen für die Buchhaltung. Wir verwenden jetzt unseren neuent (
contrast
Faktor als einzige Variable ohne "by" -Variablen. Für die kombinierte Familie von 9 Kontrasten macht die Tukey-Anpassung keinen Sinn, daher verwenden wir die multivariate"mvt"
) Methode:Nun können wir uns die resultierende Zusammenfassung ansehen:
Ich könnte in Betracht ziehen, eine Funktion zum Kombinieren von
lsm.list
Objektteilen hinzuzufügen , aber dies ist nicht einfach - hauptsächlich aufgrund von Komplikationen beim Erhalten aussagekräftiger Beschriftungen für die Ergebnisse (dasgrid
Teil). Es ist auch ein Problem, dass verschiedene Benutzer unterschiedliche Standardeinstellungen erwarten.quelle
Bereitstellung in der kommenden Version von lsmeans
Das nächste Update von lsmeans (2.20 oder höher) enthält eine
rbind
Methode fürref.grid
undlsmobj
Objekte. Es macht es einfach, zwei oder mehr Objekte zu einer Familie zu kombinieren, und standardmäßig wird die"mvt"
Anpassungsmethode verwendet. Hier ist das vorliegende Beispiel:Wenn Sie Tukey anstelle von mvt angeben, kommt dies dem gleichen Ergebnis ziemlich nahe:
Die merkwürdig gebrochene Familiengröße ergibt sich aus .(4.7722) =9
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