Vor ein paar Tagen habe ich einen Beitrag über das Einrichten eines SweaveR gelesen, mit dem ein Benutzer Dinge wie Tabellen, Grafiken usw. direkt in Latex exportieren kann. Ich konnte den Anweisungen nicht ganz folgen.
Kann jemand Schritt-für-Schritt-Anleitungen geben, wie dies sowohl auf dem Mac als auch unter Windows zu tun ist?
Antworten:
Ich benutze Eclipse / StatEt, um Dokumente mit Sweave und LaTex zu erstellen, und finde Eclipse perfekt als Bearbeitungsumgebung. Ich kann folgende Guides empfehlen:
Ich benutze MikTex auch unter Windows und finde, dass alles wirklich gut funktioniert, sobald es eingerichtet ist. Es gibt auch ein paar gute Fragen und Antworten zu Stack Overflow .
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Für mich war Eclipse ein Overkill für die Erstellung wissenschaftlicher Arbeiten. Also, für Windows, was ich getan habe, war das folgende: Installieren Sie Miktex 2.8 (? Nicht sicher der Version). Stellen Sie sicher, dass Sie Miktex in einem Verzeichnis wie C: \ Miktex installieren, da Latex Dateipfade mit Leerzeichen hasst. Stellen Sie sicher, dass Sie die Option zum Installieren von Paketen im laufenden Betrieb auswählen.
Stellen Sie außerdem sicher, dass R an einem Ort installiert ist, an dem Latex es finden kann, dh in einem Pfad ohne Leerzeichen. Ich habe TechNix Center als Programm zum Schreiben von Dokumenten installiert, aber es gibt noch viele andere Programme wie WinEdt, Eclipse, Texmaker oder Emacs. Stellen Sie nun sicher, dass Sie in Ihrer Präambel \ usepackage {Sweave} und usepackage {graphicx} haben. Wie Sie sicher wissen, müssen Sie <> = am Anfang Ihres R-Blocks einfügen und mit @ beenden. Sie benötigen entweder das Paket xtable oder Hmisc, um R-Objekte in ein Latex-Format zu konvertieren.
Ich mag xtable, aber Sie müssen wahrscheinlich einiges an Objekten jonglieren, um es in eine Form zu bringen, die xtable akzeptiert (lm-Ausgaben, Datenrahmen, Matrizen). Stellen Sie beim Einfügen einer Tabelle sicher, dass die Option results = tex in Ihrer Präambel für den Codeabschnitt enthalten ist. Wenn Sie eine Zahl benötigen, stellen Sie sicher, dass auch die Option fig = TRUE vorhanden ist. Sie können auch nur eine Figur pro Chunk generieren, denken Sie daran. Zu beachten ist, dass sich der R-Code ganz links auf der Seite befindet, als ob er in einer Umgebung eingeschlossen wäre. Dann wird er ignoriert (das hat lange gedauert, bis ich es herausgefunden habe).
Sie müssen die Datei als .Rnw speichern - stellen Sie sicher, dass das von Ihnen verwendete Tex-Programm danach keine .tex-Datei anfügt, da dies zu Problemen führen kann.
Führen Sie dann entweder R CMD Sweave foo.Rnw über die Befehlszeile oder R run Sweave ("foo.Rnw") aus. Irgendwann wird es unvermeidlich scheitern (insbesondere, wenn Sie dies noch nicht getan haben). Debuggen Sie also einfach Ihre .Rnw-Datei, spülen Sie sie aus und wiederholen Sie sie.
Wenn Sie dies zum ersten Mal tun, ist es möglicherweise einfacher, alle R-Analysen in r zu codieren und sie dann mit print-Anweisungen in LaTex einzufügen. Ich würde dies jedoch nicht als gute Idee empfehlen, da Sie, wenn Sie feststellen, dass Ihre Datendatei am Ende dieses Vorgangs Fehler aufweist (wie ich es am vergangenen Wochenende getan habe), alle Ihre Analysen erneut ausführen müssen, wenn Sie dies richtig könnten von Anfang an aus Latex, kann vermieden werden.
Sweave-Berechnungen können auch einige Zeit in Anspruch nehmen, sodass Sie möglicherweise das R-Paket cacheSweave verwenden möchten, um erneut ausgeführte Analysen zu speichern. Anscheinend erlaubt das R-Paket-Highlight die Farbcodierung von R-Code in Dokumenten, aber ich habe dies nicht verwendet.
Ich habe noch nie Latex oder R auf einem Mac verwendet, daher überlasse ich diese Erklärung jemand anderem. Hoffe das hilft.
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Mit RStudio (rstudio.org) ist es ganz einfach, vorausgesetzt, LaTeX ist bereits auf Ihrem System installiert. Es gibt eine PDF-Schaltfläche, die den Code über Sweave ausführt, ihn dann über pdflatex ausführt und einen PDF-Viewer startet.
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Ich habe diese Suite vor kurzem installiert und die Anweisungen gemäß den Anweisungen hier befolgt .
Es sind Links zu allen benötigten Softwarekomponenten erforderlich. Ich benutze MiKTex für alle LaTex-Komponenten.
Es gibt einige Fallstricke, wenn Sie 64-Bit-Fenster verwenden möchten, da Sie die zusätzliche 64-Bit-Java-Laufzeit benötigen. Dies ist recht einfach zu überwinden, wenn Sie in einem 64-Bit-IE auf java.com gehen und Ihre Installation überprüfen. Sie werden dann auf das 64-Bit-Installationsprogramm verwiesen, das ansonsten schwer zu finden ist.
Um nicht mit Pfadvariablen herumzuspielen, habe ich einfach den Eclipse-Ordner in C: \ Programme extrahiert, da hier Java und 64-Bit-R gespeichert sind. Von hier aus können die Konfigurationsoptionen in Eclipse problemlos automatisch ausgeführt werden und die entsprechenden Parameter finden.
Ich hoffe das hilft.
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