Bitte nehmen Sie mit, ich bin gerade dabei, sowohl virtuelle Maschinen als auch Linux zu verwenden.
Ich habe Probleme bei der Installation von BWA ( Link ) auf meiner virtuellen Linux-Maschine. Ich habe verschiedene Methoden ausprobiert. Die vollständigsten Anweisungen stammen von der medizinischen Abteilung in Cornell , aber ich verstehe wahrscheinlich nicht, was ich tun soll.
Ich habe die neueste Version 0.7.9a von sourceforge heruntergeladen und in einen Ordner in meinem Home-Verzeichnis verschoben. Der Pfad zur Datei lautet:
/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2
Ich habe dann die Datei entpackt:
bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2
und dann die Datei nicht tariert:
tar xvf bwa-0.7.9a.tar
Dann ging ich in das neue Verzeichnis, das ich erstellt habe:
cd bwa-0.7.9a
Ich habe dann den "make Befehl" benutzt
make
Hier lege ich auf:
Das Terminal gibt diesen Fehler aus:
jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c bwase.c bwtsw2_aux.c kopen.c NEWS.md
bamlite.h bwase.h bwtsw2_chain.c kseq.h pemerge.c
bntseq.c bwaseqio.c bwtsw2_core.c ksort.h QSufSort.c
bntseq.h bwtaln.c bwtsw2.h kstring.c QSufSort.h
bwa.1 bwtaln.h bwtsw2_main.c kstring.h qualfa2fq.pl
bwa.c bwt.c bwtsw2_pair.c ksw.c README.md
bwa.h bwtgap.c ChangeLog ksw.h utils.c
bwa-helper.js bwtgap.h COPYING kthread.c utils.h
bwamem.c bwt_gen.c example.c kvec.h xa2multi.pl
bwamem_extra.c bwt.h fastmap.c main.c
bwamem.h bwtindex.c is.c Makefile
bwamem_pair.c bwt_lite.c kbtree.h malloc_wrap.c
bwape.c bwt_lite.h khash.h malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include <zlib.h>
^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$
Ich bin nicht sicher, wie ich mit diesem Fehler umgehen soll. Könnt ihr einen Einblick geben, was zu tun ist?
Eine zweite Frage beziehe ich auf die nächsten Schritte in den Anweisungen auf der Cornell-Website. Es liest,
Msgstr "Füge bwa zu deinem PFAD hinzu, indem du ~ / .bashrc editierst und hinzufügst
export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"
Ich habe .bashrc in meinem Ausgangsverzeichnis gefunden (ich kann es mit ls -a in der Befehlszeile oder mit Strg + h im Explorer anzeigen). Ich bin nicht sicher, wie ich die Datei bearbeiten soll, um die entsprechende Codezeile einzuschließen. Füge ich sie also einfach irgendwo in die Datei ein?
Ich habe ihre Anweisungen dahingehend interpretiert, dass ich etwas in der Art von hinzufügen sollte
export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a
Aber ich bin mir nicht sicher, ob das stimmt.
Ich habe eine viel frühere Version (0.5) mit dem folgenden Befehl installiert.
get-apt install bwa
Ich möchte jedoch keine veraltete Version dieses Programms verwenden.
Jede Hilfe, die ihr mir geben könnt, wäre sehr dankbar.
Vielen Dank,
Betriebssystem des
Hostcomputers : Windows 7 Home Premium (64 Bit) (Service Pack 1) Software der virtuellen Maschine: Oracle VirtualBox Version 4.3.12
Betriebssystem des Gastcomputers : Ubuntu 14.02 (32 Bit (Ich konnte das 64 Bit nicht zum Laufen bringen)
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