Es hängt alles von Ihren persönlichen Vorlieben ab. Das Android SDK funktioniert einwandfrei unter Ubuntu (ich benutze es jeden Tag) und unabhängig von der von Ihnen gewählten IDE.
Persönlich benutze ich IntellJ IDEA. Die Community Edition unterstützt Android und ist kostenlos. Eclipse ist das Standard-Tool und ist ebenfalls kostenlos und funktioniert auch gut.
Ich kenne auch viele Leute, die andere Editoren wie vim, komodoedit und andere verwenden. Ich würde jedoch vorschlagen, einen der ersten beiden Vorschläge zu verwenden.
In Bezug auf die Erstellung der App sollten Sie die Verwendung des Standard-Builds mit Apache Ant untersuchen, oder Sie könnten es auch erstellen, z. B. mit Apache Maven und dem Maven Android Plugin. Suchen Sie auf jeden Fall ein Build-Tool, das von der von Ihnen verwendeten IDE unabhängig ist, und verwenden Sie möglicherweise sogar einen Continuous Integration Server.