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Ich versuche, Python-Paket rpy2mit Pip-Installation unter Ubuntu 16.04 zu installieren :

pip install rpy2==2.2.7

aber erhalte eine Fehlermeldung (siehe vollständige Ausgabe unten):

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

Das gleiche passiert mit anderen Paketen, wie pip install unrolloder mit pip2. Ich dachte, dieser Beitrag wäre das gleiche Problem, aber dort wird er mit sudo gelöst.

Lösungen ausprobiert

Ich habe versucht , Lösungen in diesem Beitrag , wie: pip install --upgrade setuptools, (sudo) easy_install -U setuptools, oder sudo apt-get install python-setuptools, aber ohne Erfolg.

Python / Pip Info

Jemand schlug vor, ich könnte eine seltsame Python / Pip-Installation haben. Hier sind ein paar Infos:

sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

sudo python --version   
Python 2.7.12  

sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

Volle Fehlerausgabe

pip install rpy2 == 2.2.7  
Sammeln von rpy2 == 2.2.7 Verwenden von zwischengespeichertem rpy2-2.2.7.tar.gz  
    Vollständige Ausgabe des Befehls python setup.pygg_info:
    Ausführen von Egg_info
    Pip-Egg-Info erstellen / rpy2.egg-Info
    Schreiben von pip-egg-info / rpy2.egg-info / PKG-INFO
    Schreiben von Namen der obersten Ebene in pip-egg-info / rpy2.egg-info / top_level.txt
    Schreiben von dependency_links in pip-egg-info / rpy2.egg-info / dependency_links.txt
    Schreiben der Manifestdatei 'pip-egg-info / rpy2.egg-info / SOURCES.txt'
    Traceback (letzter Anruf zuletzt):
      Datei "", Zeile 1, in 
      Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 462, in 
        [os.path.join ('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])],
      Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py", Zeile 151, im Setup
        dist.run_commands ()
      Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", Zeile 953, in run_commands
        self.run_command (cmd)
      Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py", Zeile 972, in run_command
        cmd_obj.run ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Linie 280, im Lauf
        self.find_sources ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Zeile 295 in find_sources
        mm.run ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Linie 526, im Lauf
        self.add_defaults ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/egg_info.py",
Zeile 562 in add_defaults
        sdist.add_defaults (self)
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
Zeile 36 in add_defaults
        self._add_defaults_ext ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
Zeile 119 in _add_defaults_ext
        build_ext = self.get_finalized_command ('build_ext')
      Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", Zeile 312, in get_finalized_command
        cmd_obj.ensure_finalized ()
      Datei "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py", Zeile 109, in sure_finalized
        self.finalize_options ()
      Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 155, in finalize_options
        config + = get_rconfig (r_home, ungefähr)
      Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 319, in get_rconfig
        rc = RConfig.from_string (rconfig, allow_empty = allow_empty)
      Datei "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py", Zeile 279, in from_string
        + '\ nin string \ n' + string)
    ValueError: Ungültiger Teilstring
    -fopenmp
    in Zeichenfolge
    -Wl, - export-dynamic -fopenmp -Wl, -Bsymbolische Funktionen -Wl, -z, relro -L / usr / lib / R / lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm

Der Befehl "python setup.pygg_info" ist mit Fehlercode 1 in / tmp / pip-build-EkrbmM / rpy2 / fehlgeschlagen

pip install abrollen
Sammeln des Abrollens Verwenden des zwischengespeicherten Abrollens-0.1.0.tar.gz
    Vollständige Ausgabe des Befehls python setup.pygg_info:
    Herunterladen von http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distribute-0.6.14.tar.gz
    Traceback (letzter Anruf zuletzt):
      Datei "", Zeile 1, in 
      Datei "/tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py", Zeile 2, in 
        ez_setup.use_setuptools ()
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 145, in use_setuptools
        return _do_download (version, download_base, to_dir, download_delay)
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 124, in _do_download
        to_dir, download_delay)
      Datei "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py", Zeile 193, in download_setuptools
        src = urlopen (url)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 154, in urlopen
        return opener.open (URL, Daten, Timeout)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 435, geöffnet
        Antwort = Meth (req, Antwort)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 548, in http_response
        'http', Anfrage, Antwort, Code, msg, hdrs)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 473, fehlerhaft
        return self._call_chain (* args)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 407, in _call_chain
        Ergebnis = func (* args)
      Datei "/usr/lib/python2.7/urllib2.py", Zeile 556, in http_error_default
        Erhöhen Sie HTTPError (req.get_full_url (), Code, msg, hdrs, fp)
    urllib2.HTTPError: HTTP-Fehler 403: SSL ist erforderlich

Der Befehl "python setup.pygg_info" ist mit dem Fehlercode 1 in tmp / pip- fehlgeschlagen.
build-QimGjp / unroll /

python python-2.7 pip Matifou
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Ist R bereits installiert?

Lapisdecor

1

Versuchen Sie es mit der -HFlagge wiesudo -H

George Udosen

Tut mir leid, aber das ist zu chaotisch, als dass ich im Moment jemandem helfen möchte, es zu entwirren. Auch mit dem Kopfgeld. Vielen Dank für Ihre Erinnerungen.

David Foerster

Danke @ George, aber leider auch sith das sudo -Hes nicht funktioniert :-(

Matifou

4

Upgrade `setuptools`mit`pip`

Die Version python-setuptoolsim Paket-Repository von Ubuntu 16.04 LTS ist veraltet / nicht gewartet. Aktualisieren Sie es mit, pipanstatt sich auf den Paketmanager zu verlassen:

$ sudo pip install --upgrade setuptools

Serge Stroobandt
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1

Lösung, die ich für meine eigene Frage gewählt habe: Die vorgeschlagenen Antworten haben das Problem nicht gelöst, und so habe ich letztendlich condaeine spezifische Umgebung für das benötigte Paket erstellt, und das hat funktioniert! Dies ist nicht die beste Lösung, zumal eine parallele Version installiert werden muss (du kannst Miniconda für den Weltraum verwenden), aber eine praktische!

Matifou
quelle

0

Sie benötigen Setup-Tools und wahrscheinlich geben Dev-Module Folgendes ein

sudo apt-get install python-setuptools
sudo apt-get install python-dev

Es kann sinnvoll sein, pip zuerst zu aktualisieren, um sicherzustellen, dass nichts anderes als ein reibungsloser Betrieb erfolgt. Dies erfolgt durch Eingabe

sudo apt install python-pip

Viel Glück

Rhabarberhund
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1

Vielen Dank. Aber ich habe diese drei tatsächlich bereits installiert, auf ihre neueste Version ...

Matifou

0

Das Aktualisieren setuptoolshat mein Problem nicht behoben. Pip wurde jedoch angewiesen, sich selbst zu aktualisieren.

Der folgende Befehl hat mein Problem behoben (aus dieser Antwort )

pip install --upgrade pip

RTbecard
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pip install gibt "Befehl" python setup.py egg_info "fehlgeschlagen mit Fehlercode 1"

Lösungen ausprobiert

Python / Pip Info

Volle Fehlerausgabe

Antworten:

Upgrade `setuptools`mit`pip`

pip install gibt "Befehl" python setup.py egg_info "fehlgeschlagen mit Fehlercode 1"

Lösungen ausprobiert

Python / Pip Info

Volle Fehlerausgabe

Antworten:

Upgrade setuptoolsmitpip

Upgrade `setuptools`mit`pip`