Ist es möglich, aufeinanderfolgende Spalten in AWK hinzuzufügen?

Ich habe also eine große Datei, die Zählwerte in Spalten enthält. Eine kürzere Version der Datei lautet wie folgt:

Id,Sample1,Sample2,Sample3,Sample4,Sample5,Sample6,Sample7,Sample8,Sample9,Sample10,Sample11,Sample12,Sample13,Sample14,Sample15,Sample16,Sample17,Sample18,Sample19,Sample20,Sample21,Sample22,Sample23,Sample24
bar,80,167,1419,2973,16846,31523,257,466,4004,6662,13862,22205,116,284,786,1198,467,853,3333,6054,18122,34030,22,41
foo,29,71,582,1143,6382,11466,99,138,1388,2176,4337,7043,55,106,349,600,211,319,1468,2418,8661,15285,12,12
qaz,23,59,478,904,4919,8538,85,147,1553,2463,5061,8094,56,84,271,411,176,291,1268,2132,7219,12436,6,13
etc,27,43,464,970,4101,8092,90,111,1441,2174,4954,7940,41,85,249,378,130,234,1075,1856,5920,10854,9,18
zxc,15,34,332,609,2568,4652,53,82,989,1592,3219,5034,46,87,315,479,104,170,759,1297,4926,8171,2,9
qwe,9,20,146,310,2932,5391,48,94,842,1349,2823,4430,23,34,115,235,113,172,811,1362,4178,7576,8,10
asd,16,39,388,687,2796,5303,51,110,763,1216,2610,4165,50,79,351,603,113,156,824,1345,3337,6168,4,9
abc,6,16,91,192,385,654,21,32,326,496,7884,12266,10,19,56,89,41,62,251,367,1545,2657,,4
xyz,14,33,249,538,1634,2983,28,71,555,952,1697,2712,23,34,111,167,95,148,650,1131,3204,5814,4,12

Was ich tun möchte, ist, aufeinanderfolgende Spalten (Probe1 + Probe2, Probe3 + Probe4, ...) so zu summieren, dass:

bar,247,4392,...
foo,100,1725,...
qaz,82,1382,...
...

Ich habe versucht, über NF Schleifen zu erstellen, aber es scheint alles in separaten Zeilen zu drucken, auch die Zahlen sind nicht wirklich genau ...

> awk -F, 'NR > 1 {for(i=2; i<=NF; i=i+2){print ($i + $i+1)}}' short.csv 
161
2839
33693
515
8009
27725
233
1573
935
6667
36245
45
59
1165
...

Ist es möglich, dies in awk oder einem ähnlichen leichten Befehlszeilen-Skript-Fu zu tun?

awk posdef
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@Rahul Die Werte unter den Spalten SampleN haben versucht, dies im Fragentext zu verdeutlichen.

Posdef

ersetzen $i+1durch $(i+1).

Meuh

@meuh Damit ist das Additionsproblem gelöst, die Werte befinden sich jedoch immer noch in separaten Zeilen. Ich bin mir auch nicht sicher, wie ich die erste Spalte in die gleiche Zeile bringen soll

posdef

verwenden printf "%d,",... für print.

Meuh

Antworten:

Das Problem, mit dem Sie hatten, $i + $i+1war effektiv, dass es das tat $i + $i + 1, was Sie nicht wollten.

Stattdessen so etwas wie

awk -F, 'NR > 1 { printf("%s",$1)
                  for(i=2;i<=NF;i+=2) { printf(",%d",$i+$(i+1)) }
                  print ""
                }
'

Ergebnisse:

bar,247,4392,48369,723,10666,36067,400,1984,1320,9387,52152,63
foo,100,1725,17848,237,3564,11380,161,949,530,3886,23946,24
qaz,82,1382,13457,232,4016,13155,140,682,467,3400,19655,19
etc,70,1434,12193,201,3615,12894,126,627,364,2931,16774,27
zxc,49,941,7220,135,2581,8253,133,794,274,2056,13097,11
qwe,29,456,8323,142,2191,7253,57,350,285,2173,11754,18
asd,55,1075,8099,161,1979,6775,129,954,269,2169,9505,13
abc,22,283,1039,53,822,20150,29,145,103,618,4202,4
xyz,47,787,4617,99,1507,4409,57,278,243,1781,9018,16

Stephen Harris
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Fantastisch! Vielen Dank. Ich nehme an, es ist im Allgemeinen besser, dieses Skript in einer separaten Datei abzulegen. Ich sage das meistens, da es einfacher ist, die Klammern über mehrere Zeilen zu verwalten.

posdef

Das ist Geschmackssache. Ich neige dazu, kurze awk-Skripte wie dieses zu inline, damit es weniger externe Dateiabhängigkeiten gibt. awkIn diesem Szenario sind Zeilenumbrüche nicht besonders wichtig, sodass Sie sogar alles mit ;Trennzeichen in eine Zeile setzen können . awk -F, 'NR > 1 { printf("%s",$1) ; for(i=2;i<=NF;i+=2) { printf(",%d",$i+$(i+1)) } ; print "" }'

Stephen Harris