So installieren Sie R 3.3.1 in meinem eigenen Verzeichnis

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Dies ist eine etwas doppelte Frage (siehe So legen Sie PATH for R in meinem Verzeichnis fest ), aber ich habe ein neues Problem mit der neuen Version von R festgestellt.

Ich habe versucht, eine neue Version von R (R 3.3.1) in meinem eigenen Verzeichnis zu installieren. Ich habe meinen vorherigen Installationsablauf verfolgt

Aber ich bin auf ein Problem gestoßen, das ich vorher nicht hatte. 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

Es scheint, dass die zlib-Version zu niedrig ist, also habe ich die aktuelle Version von zlib installiert 

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

dann habe ich versucht, die Konfiguration für R erneut wie folgt durchzuführen: 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

Trotzdem hatte ich den gleichen Fehler:

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

Dann bemerkte ich, dass jemand das Problem umging, indem er die Konfigurationsdatei von R
änderte. Ich folgte diesem Beispiel und löste den zlib-Fehler. aber andere Fehler folgten. Um es kurz zu machen, ich habe andere abhängige Bibliotheken installiert

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make 
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Die Konfiguration schien zu funktionieren:

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    $HOME/Programme/R-3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++0x -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:         

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF
  Options not enabled:       memory profiling
  Recommended packages:      yes

aber wenn ich anrufe 

make && make install

noch "make" konnte es nicht bis zum Ende schaffen: 

...
  gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o  -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status

...
make: *** [R] Error 1

Follow-up: Auf Vorschlag von Thrig habe ich meiner CSV-Datei die folgenden Zeilen hinzugefügt 

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

und 

source .cshrc

Problem gelöst!

software-installation configure r Jun
quelle
--prefix=$HOME/Programmeund -L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/libsieh aus wie zwei verschiedene dinge, wo ist zlib eigentlich? (Und wird es mit einer *.pcDatei pkg-config
geliefert,
@thrig, sorry, ich habe meine Konfigurationsinformationen nicht richtig eingegeben, ich habe sie so bearbeitet, dass sie genau so sind, wie ich es getan habe.
Juni
2
Für die "nicht gefundenen" gemeinsam genutzten Bibliotheken wäre es ein schneller Hack LD_LIBRARY_PATH, die erforderlichen libVerzeichnisse einzuschließen.
Thrig
Wenn ich es wäre, würde ich versuchen, die Abhängigkeiten mit einem gemeinsamen Präfix wie --prefix=/opt(anstelle von separaten Unterverzeichnissen --prefix=/opt/zlib-1.2.11usw.) zu installieren und dann einen geeigneten Suchpfad für pkg-configz. B. export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATHvor der Konfiguration R
festzulegen
@ Thrig. TKS! es funktionierte!
Juni

Antworten:

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Dies ist die Lösung für das oben erwähnte Problem

Folgen Sie dem Beispiel, um die Konfigurationsdatei von R zu ändern. Dann:

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean

Ändern Sie das Makefile (Original: CC = gcc nach Änderung: CC = gcc -fPIC) wie hier vorgeschlagen

make 
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

Fügen Sie die folgenden Zeilen zu meiner .cshrc-Datei hinzu

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

und

source .cshrc

Gehen Sie nun zum Verzeichnis R-3.3.1:

make && make install

es sollte funktionieren.

Jun
quelle