Hinzufügen einer Zeichenfolge zu einer TXT-Datei in allen Zeilen mit Ausnahme weniger Zeichen mit sed oder awk

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Ich habe eine Textdatei mit dem Namen xid.txt:

xid: SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: SC32173 id: artf398402
xid: SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556

Ich muss eine Zeichenfolge 'PT_' vor 'SC48028', 'SC32173' usw. hinzufügen. Die Zeichenfolge 'SC ...' kann mit einer beliebigen Kombination beginnen, z. B. 'AC ...' oder 'DL ..'

Erforderliche Ausgabe:

xid: PT_SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: PT_SC32173 id: artf398402
xid: PT_SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556

Wenn Sie die obige Ausgabe sehen, sollten wir 'PT_' nicht vor Zeichenfolgen einfügen, die mit 'i', 'p', 'w' und 'numerisch' beginnen. Ich habe einige grundlegende Befehle für meine Anforderung mit insert / append in sed ausprobiert.

text-processing awk sed Subrat Sahoo
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Ihre Frage ist thematisch und hier willkommen, aber Sie könnten an unserer neuen Bioinformatik- Website interessiert sein .
Terdon

Antworten:

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Mit awk :

awk '$2~/^[A-Z][A-Z]/{ $2="PT_"$2 }1' xid.txt

Die Ausgabe:

xid: PT_SC48028 id: artf398444
xid: indv1000 id: indv24519
xid: PT_SC32173 id: artf398402
xid: PT_SC21033 id: artf398372
xid: 1001 id: tracker4868
xid: wiki1000 id: wiki10709
xid: proj1234 id: proj12556
  • $2~/^[A-Z][A-Z]/ - wenn das 2. Feld mit 2 Großbuchstaben beginnt

Oder sed Ansatz:

sed -i 's/^\(xid:[[:space:]]*\)\([A-Z]\{2\}[^[:space:]]*\)/\1PT_\2/' xid.txt
RomanPerekhrest
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Dies war so reibungslos, sofortige Antwort vielen Dank. Was soll getan werden, wenn ich die vorhandene Eingabedatei anhängen möchte?
Subrat Sahoo
awk '$2~/^[A-Z]{2}/{ $2="PT_"$2 }1' xid.txt > xid-tmp && mv xid-tmp xid.txtoder benutze meinen zweiten Ansatz
RomanPerekhrest
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Terdon
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@SubratSahoo (und Roman) neuere Versionen von GNU awk(die Sie normalerweise auf Linux-Systemen installiert haben) -i inplaceermöglichen es Ihnen, eine Datei wie sed und perl zu bearbeiten -i.
Terdon
@terdon, ja, ich weiß über -i inplace(ich habe einen einheitlichen Ansatz mit mvBefehl für das OP vorgeschlagen, um die Portabilität anzupassen). Was die Bioinformatics betaCommunity betrifft: Ich bin gerade beigetreten. Könnte es Aufgaben im Zusammenhang mit der Linux / Python-Programmierung / -Verarbeitung geben? Wie denkst du?
RomanPerekhrest
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sed Option

sed -i -e 's/[A-Z][A-Z]/PT_&/' file

wo

  • -i an Ort und Stelle bearbeiten
  • -e Befehl zum Ausführen
Archemar
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