Xcode ist ab Version 4.3 eine einzelne App und in sich geschlossen. Quelle :
Diese Version von Xcode wird als einzelnes Anwendungspaket Xcode.app verteilt, das über den Mac App Store direkt im Anwendungsordner installiert wird. Für die Installation von Xcode 4.3 ist die Anwendung "Xcode installieren" nicht mehr erforderlich
Die Befehlszeilentools, die an anderer Stelle im Dateisystem gespeichert sind, können optional heruntergeladen und separat installiert werden.
Beim manuellen Kopieren erkennt der App Store das Vorhandensein von Xcode.app und ändert das Abzeichen für die Anwendung in Ihren "Einkäufen" von "Installieren" in "Installiert".