Wie kommen Wissenschaftler auf die richtigen Parameter und Topologien des Hidden Markov-Modells?

Ich verstehe, wie ein Hidden-Markov-Modell in genomischen Sequenzen verwendet wird, beispielsweise beim Auffinden eines Gens. Aber ich verstehe nicht, wie ich ein bestimmtes Markov-Modell entwickeln soll. Ich meine, wie viele Staaten sollte das Modell haben? Wie viele mögliche Übergänge? Sollte das...