Bei der Installation von rJava mit dem install.packages("rJava")
Befehl wird folgende Fehlermeldung angezeigt :
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver : '/usr/bin/jar'
compiler : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
Ich habe das Java JDK installiert und java -version
gebe Folgendes zurück:
$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
Wenn ich nach dem Fehler google, sehe ich, dass andere das gleiche Problem haben, aber keine andere Lösung finden als "das gesamte JDK installieren, nicht nur die JRE", was ich getan habe.
Das andere, was ich gelesen habe, war zu laufen, sudo R CMD javareconf
was ziemlich fehlerfrei läuft.
Irgendwelche Ideen, was mein Problem ist?
[[EDIT]] Es ist ein paar Monate her, seit ich dieses Problem hatte. Ich hatte dies zunächst durch Bearbeiten meiner Java-Pfade gelöst, wie in der Antwort unten dargestellt. Ich bin kürzlich bei einer neuen Ubuntu-Installation auf dasselbe Problem gestoßen. Ich habe Dirks Empfehlung ausprobiert, das rJava-Paket mit apt-get zu installieren. Es hat perfekt funktioniert. Was ich anfangs nicht zu schätzen wusste, ist, dass die Installation von Paketen mit der Ubuntu apt-get-Methode sich grundlegend vom Laden desselben Pakets mit install.packages () innerhalb von R unterscheidet. Die Ubuntu-Pakete lösen einige Probleme, die ich nicht erkannt oder geschätzt habe .
readxl
aber für das Zurückschreiben in Excel bevorzuge ichopenxlsx
. Weder erfordert rJava.Antworten:
Würde nicht
war einfacher? Du hättest mich bei useR fragen können! :) :)
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update.packages()
bekomme, bemerke ich, dass es eine gibtrJava update
. Die Installation innerhalb von R schlägt fehl. Wenn ichapt-get install r-cran-rjava
kein Update zur Verfügung habe. Warum passiert dies?Es stellte sich heraus, dass mein Problem ein Problem mit meiner
JAVA_HOME
Umgebungsvariablen war. Ja, schockierend, ich weiß. Meine anfängliche Einstellung fürPATH
undJAVA_HOME
sah so aus:Und ich habe hinzugefügt,
/jre
so dass es jetzt so aussieht:Alles in Java schien ohne das
/jre
gut zu funktionieren, aber rJava würde es nicht. Seltsam.quelle
R CMD javareconf
. Andernfalls werden bei der Installation von rJava immer noch die alten Speicherorte von Headern, Bibliotheken usw.8-oracle
stattdessen die Version verwendet.Danke - Ihr Vorschlag über
$JAVA_HOME
führt mich zu einer ähnlichen Lösung:vor dem Aufrufen von R.
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Ich bin auf dasselbe Problem gestoßen, und es hat funktioniert, nachdem die folgenden Befehle ausgeführt wurden.
Weitere Informationen finden Sie unter http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html
quelle
So mache ich es möglich:
Unter Linux (Ubuntu 16.04)
in R:
quelle
Dies funktionierte für mich unter Ubuntu 12.04 und R Version 3.0
Dies ist das Verzeichnis mit jni.h.
Erstellen Sie als Nächstes einen Softlink zu einer anderen erforderlichen Header-Datei (ich bin zu faul, um herauszufinden, wie mehr als ein Verzeichnis in die unten stehende Option JAVA_CPPFLAGS aufgenommen werden kann):
Schließlich
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sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include
löste das Problem für mich.echo $JAVA_HOME
fallsjava-6-sun
es nicht Ihr genaues Verzeichnis ist.Unten ist eine meiner Antworten auf einen anderen Beitrag - Fehler: Installierte Pakete können gerade nicht geladen werden
(dies ist auch für diese Frage relevant)
Für Linux (Ubuntu) Benutzer: Wenn Sie Oracle-Java (7/8) installiert haben. Es wird an diesem Ort sein
/usr/lib/jvm
undsudo
Zugang ist erforderlich.Erstellen Sie die Datei
/etc/ld.so.conf.d/java.conf
mit den folgenden Einträgen:(Ersetzen Sie Java-8-Orakel durch Java-7-Orakel, abhängig von Ihrer Java-Version)
Dann:
Starten Sie RStudio neu und installieren Sie das rJava-Paket.
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Ausführen von R unter Gentoo auf einem AMD64. Ich habe ein Upgrade auf R 2.12.0 durchgeführt
R-Version 2.12.0 (15.10.2010) Copyright (C) 2010 Die R-Stiftung für statistische Datenverarbeitung ISBN 3-900051-07-0 Plattform: x86_64-pc-linux-gnu (64-Bit) und diese lästigen Nachrichten gingen Weg.
Jan Vandermeer
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Ich habe versucht, openjdk-7- * zu installieren, aber ich hatte immer noch Probleme bei der Installation von rJava. Es stellte sich heraus, dass es nach dem Neustart meines Computers überhaupt kein Problem gab.
so
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Das rJava-Paket sucht nach dem
/usr/lib/jvm/default-java/
Ordner. Es ist jedoch nicht standardmäßig verfügbar. Dieser Ordner verfügt über einen Symlink für das für das System konfigurierte Standard-Java.Um das Standard-Java zu aktivieren, installieren Sie die folgenden Pakete:
sudo apt-get install default-jre default-jre-headless
Getestet auf Ubuntu 17.04 mit CRAN R 3.4.1
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Was für mich funktioniert hat, war das Ändern von JAVA_HOME aus der Datei
/usr/lib/R/etc/javaconf
Ich habe zuerst überprüft, welche Version von Java aktiviert war :
sudo update-alternatives --config java
. In meinem Fall war esjava-8-oracle
Ich habe die Datei geöffnet
/usr/lib/R/etc/javaconf
und ersetztdefault-java
durchjava-8-oracle
:ersetzt durch :
Und dann
sudo R CMD javareconf
Ich habe RStudio neu gestartet und konnte dann rJava installieren.
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was ich mache ist hier:
Fügen Sie in /etc/apt/sources.list Folgendes hinzu:
deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main
Hinweis: Der rjava sollte die neueste Version sein
2 run: sudo apt-get update sudo apt-get installiere r-cran-rjava
Sobald Sie die alte Version von rjava aktualisiert haben, können Sie rhdfs_1.0.8 installieren.
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Ich habe es zum Laufen gebracht , indem ich Folgendes heruntergeladen habe: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz und den Befehl R CMD installiere rJava_0.9-8.tar.gz
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Ich hatte das gleiche Problem unter Windows 10. Ich habe das Problem mit dem folgenden Verfahren gelöst
Hinweis : jdk1.8.0_201 und jre1.8.0_201 werden abhängig von der Version von Java Development Kit und Java geändert
Um die Installation zu überprüfen, öffnen Sie CMD \ Typ javac \ Drücken Sie die Eingabetaste und geben Sie java ein \ drücken Sie die Eingabetaste. Es wird angezeigt
In RStudio laufen
Hinweis : jdk1.8.0_201 wird abhängig von der Version des Java Development Kit geändert
Jetzt können Sie das rJava-Paket problemlos installieren und laden.
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Das Problem war, dass rJava nicht in
RStudio
(Version 1.0.136
) installiert wird . Folgendes hat bei mir funktioniert (macOS Sierra version 10.12.6
) ( hier zu finden ):Schritt-1: Herunterladen und Installieren
javaforosx.dmg
von hierSchritt 2: Führen Sie als Nächstes den Befehl in RStudio aus:
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Ich habe unter Ubuntu 16.04 ein ähnliches Problem festgestellt und konnte es lösen, indem ich einen Ordner mit dem Namen "default-java" erstellt
/usr/lib/jvm
und den gesamten Inhalt von in den Ordner kopiert habe/usr/lib/jvm/java-8-oracle
. Ich habe mich für diese Lösung entschieden, da sich herausstellte, dass die Korrektur der Umgebungsvariablen JAVA_HOME keinen Nutzen hat.quelle
default-jre
Paketinstallation unterbrochen.