Wie verwende ich R mit Google Colaboratory?

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Google Colaboratory unterstützt Python Version 2.7 und 3.6

Ich sehe ein Beispiel, wie man Swift vor einiger Zeit in Colab verwendet.

Heute bin ich zufällig gelaufen

!jupyter-kernelspec list

Und einen neuen Kernel gefunden: IRkernel

Available kernels:
  ir         /usr/local/share/jupyter/kernels/ir
  python2    /usr/local/share/jupyter/kernels/python2
  python3    /usr/local/share/jupyter/kernels/python3
  swift      /usr/local/share/jupyter/kernels/swift

Ist es jetzt möglich, R auch in Colab zu verwenden? Kein Aufwand bei der Installation des R-Kernels?

Korakot
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Antworten:

95

Ja.

Verwenden Sie für ein neues R-Notebook diesen Link . (Abkürzung ist colab.to/r )

Sie können aus IRkernel-Demos lernen, z. B. demo.ipynb

Speichern Sie eine Kopie in Ihrem Google Drive und nehmen Sie die erforderlichen Änderungen vor.

2 weitere Demos:

Weitere Details finden Sie in IRkernel Github .

Korakot
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2
Also sollte man dies jedes Mal verwenden, wenn man R auf Google Colab ausführen möchte?! Wenn Sie es ausführen, wird eine Warnung zurückgegeben (über nicht von Google autorisierte Personen). Ist es sicher?
NelsonGon
und wie installiere ich R-Bibliotheken?
xxxvincxxx
1
Rufen Sie install.packages("wordcloud")einfach an, um beispielsweise die Wordcloud-Bibliothek zu installieren.
Korakot
Müssen Sie die Pakete jedes Mal neu installieren, wenn Sie das Notebook laden?
Jas
1
@ Nathan genau. 😁
Korakot
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Wenn Sie Python und R zusammen verwenden möchten, können Sie für einige Zellen R magic verwenden.

# activate R magic
%load_ext rpy2.ipython

Wann immer Sie R verwenden möchten, beginnen Sie die Zelle mit %%R

%%R
x <- 42
print(x)

Weitere Details in der rpy2-Dokumentation

Korakot
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4
Sie müssen nicht laufen import rpy2, um die load_extMagie laufen zu lassen ist ausreichend
Buthetleon
2
OK, ich werde es dann
herausnehmen
Ich verstehe vollkommen, dass die Verwendung der magischen Befehle besser ist als gar keine Option, aber Sie müssen zugeben, dass es ein bisschen verrückt ist, wenn Sie R im gesamten Notebook verwenden möchten, dass wir %% R über jede einzelne hinzufügen müssten Codezelle eins nach dem anderen.
Btibert3
1
Diese Antwort ist nur dann gut, wenn Sie etwas R in ein Python-Notizbuch mischen möchten. Wenn Sie hauptsächlich R schreiben, verwenden Sie bitte meine erste Antwort oben.
Korakot
Außerdem habe ich Probleme bei der Installation von Paketen mit dieser Methode in Colab. Ich wollte ein Paket installieren, eine Funktion aus diesem Paket aufrufen und dann mit den Ergebnissen in Python arbeiten. Bei einigen Paketen funktioniert es, bei anderen nicht. Ich bekomme Fehler mit Abhängigkeiten zBinstallation of package ‘Rmpfr’ had non-zero exit status
Paloha
3

Um eine frühere Antwort zu erweitern, können Sie Datenrahmen zwischen dem R- und dem Python-Kernel verschieben, damit Sie mit beiden im selben Notizbuch arbeiten können (wenn Sie beispielsweise Daten mit Pandas laden möchten, verarbeiten Sie sie mit einem R-Paket: und dann mit Bokeh planen).

# Pandas dataframe to R data frame
!pip3 install rpy2
%load_ext rpy2.ipython
%R -i df
# R data frame to Pandas dataframe
%R seq.data <- read.delim('sequence.index', header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
seq_data = %R seq.data
rchurt
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3

Update: Das funktioniert nicht mehr (Juli 2020) .

Der obige Link zu den obigen Antworten führt direkt zum R-Notebook. Dort können Sie zwischen R und Python wechseln. Es ist seltsam, dass Google die Dienste einfach so ändert. Daher ist Stackoverflow keine großartige Plattform, um Tools zu fördern, die von gewinnbringenden / datenverkaufenden Unternehmen entwickelt wurden.

Alte Antwort:

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Wenn Sie ab sofort Runtimeauf die Menüleiste klicken und dann auswählen Change Runtime Type, können Sie zwischen R und Python wählen. Laufzeit in Colab ändern

x85ms16
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1
Wenn wir in einem neuen Notizbuch auf Laufzeittyp ändern klicken, können wir nur die Option Hardwarebeschleuniger ändern. Irgendwelche Vorschläge?
Luis
1
Es sieht so aus, als hätte Google die Option zum Ändern des Kernels entfernt. Lassen Sie mich herumgraben und darauf zurückkommen.
x85ms16
Ich danke dir sehr. Es scheint, dass Google uns zwingt, Python in Google Colab zu verwenden.
Luis
1

***** Arbeiten ab Freitag, 13. November 2020

Gehen Sie zu dieser URL https://colab.to/r, während Sie bei colab angemeldet sind, und das sollte es tun.

Sie können überprüfen, ob R in Runtime -> Laufzeittyp ändern, es sollte jedoch bereits eingerichtet sein.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

So mounten Sie Google Drive:

install.packages("googledrive")
library("googledrive")

if (file.exists("/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/google/colab/_ipython.py")){ 
  install.packages("R.utils")
  library("R.utils")
  library("httr")
  my_check <- function() {return(TRUE)}
  reassignInPackage("is_interactive", pkgName = "httr", my_check)
  options(rlang_interactive=TRUE)
}                                                                                    

Und authentifizieren Sie Google Drive

drive_auth(use_oob = TRUE, cache = TRUE)
Neugierig
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Ich habe es gerade versucht und es funktioniert. Ich kann mein Laufwerk jedoch immer noch nicht mounten. Nach der Implementierung des Codes wird im linken Bereich das Laufwerkssymbol "Laufwerk bereitstellen" angezeigt. Wenn Sie jedoch darauf klicken, wird in der unteren linken Ecke eine Benachrichtigung angezeigt, dass das Bereitstellen Ihres Google-Laufwerks nur für gehostete Python-Laufzeiten verfügbar ist. Ich weiß nicht, ob es eine Problemumgehung gibt, es wird sehr hilfreich sein
M Terry