Ich bin auf der Suche nach einem Tool zur Visualisierung sehr großer Richtungsverbindungsdiagramme. Ich habe derzeit ~ 2 Millionen Knoten mit ~ 10 Millionen Kanten. Ich habe ein paar verschiedene Dinge ausprobiert, aber die meisten brauchen Stunden, um sogar 100k-Knotengraphen zu erstellen
Was ich versucht habe:
Ich habe einen Tag mit Gephi verbracht, aber das Hinzufügen von 80K-Knoten dauert ungefähr eine Stunde, und die Anwendung wird größtenteils unbrauchbar.
Irgendwelche Vorschläge?
Eine interaktive Visualisierung wäre von Vorteil.
visualization
Madmaze
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Antworten:
Graphviz sollte funktionieren. Ich glaube, dass die Bilder, die mit den Matrizen in der spärlichen Matrixsammlung der Universität von Florida assoziiert sind, mit sfdp, einem von Yifan Hu entwickelten kraftgerichteten Graphvisualisierungsalgorithmus, visualisiert wurden. Die meisten Matrizen in der Sammlung haben eine Rechenzeit, die mit dem Generieren einer entsprechenden Visualisierung verbunden ist, sodass Sie möglicherweise nach Matrizen suchen können, deren Diagramme ähnliche Eigenschaften aufweisen wie die, die Sie visualisieren möchten. Zum Beispiel wurden für ein Diagramm mit ~ 2,1 Millionen Knoten und ~ 3 Millionen Kanten ~ 36000 Sekunden oder 10 Stunden benötigt. Obwohl nicht klar ist, mit welcher Hardware das Diagramm erstellt wurde, ist es wahrscheinlich eine vernünftige Annahme, dass ein Desktop oder Laptop verwendet wurde, und die Zeiten geben Ihnen zumindest eine ungefähre Vorstellung davon, wie viel Zeit das Rendern des Diagramms in Anspruch nehmen kann. Hus Algorithmus scheint einer der modernsten Visualisierungsalgorithmen zu sein (er veröffentlichte ihn 2005), aber da er kein Experte auf diesem Gebiet ist, kann ich nicht darüber sprechen, ob es bessere Algorithmen gibt oder nicht. Dieser Algorithmus ist in Graphviz als Option enthalten und kann für große Diagramme wie das von Ihnen beschriebene verwendet werden.
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Das JavaScript InfoVis Toolkit verfügt über eine übersichtliche interaktive Oberfläche für kommentierte lokale Ansichten von Diagrammen. Diese Demos könnten für Sie relevant sein:
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Siehe Graphinsight 1.2, kann problemlos mit Millionen von Knoten umgehen und ist interaktiv und in 3D.
Sie können auch Diagramme mit Millionen von Knoten und Kanten mit hocheffizienten algebraischen Methoden oder erzwungenen Methoden erstellen. Es ist in einer Testversion zur Evaluierung verfügbar ( Haftungsausschluss: Ich bin einer der Autoren des Programms ).
www.graphinsight.com
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Hier sind einige Empfehlungen und Links, die im Laufe der Zeit gesammelt wurden:
igraph
Paket für die statistische Sprache R erneut , das unter anderem saubere Layoutalgorithmen ( Fruchterman-Reingold und Kamada-Kawai ) enthält.quelle
Wir haben http://www.github.com/graphistry/pygraphistry erstellt , um dies in den meisten Browsern und Notebooks zu ermöglichen. Die Idee ist, WebGL zu verwenden, um die großen Grafiken (Schwenken / Zoomen / usw.) zu rendern und den größten Teil der Echtzeitberechnung (Layout, Filter usw.) in eine GPU-Cloud zu verlagern. Es ähnelt Gephi oder Cytoscape, konzentriert sich jedoch mehr auf große Grafiken und Datenanalysen sowie auf die Integration in das Web und in Notizbücher.
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Sie können "Tulip" [1] ausprobieren, ich denke, es kann sehr große Graphen verarbeiten (zumindest habe ich es mit 10K bis 100K Knoten versucht und es hat gut funktioniert).
[1] http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/
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