Wiederholte Berechnung des nächsten Nachbarn für Millionen von Datenpunkten zu langsam

Ich habe einen Datensatz, der in Millionen von Datenpunkten in 3D läuft. Für die Berechnung, die ich mache, muss ich Nachbarn (Entfernungssuche) für jeden Datenpunkt in einem Radius berechnen, versuchen, eine Funktion anzupassen, den Fehler für die Anpassung berechnen, dies für den nächsten...