Ich versuche zu verstehen, wie dinterval () in JAGS für zensierte Daten funktioniert. Ich modelliere grobe Daten, bei denen ich nur Ober- und Untergrenzen für jeden Datenpunkt habe (nicht den wahren Wert). Hier ist ein einfaches Beispiel, wie es meiner Meinung nach funktionieren sollte:
Einige Ober- und Untergrenzen für jeden Punkt:
> head(lim)
L U
[1,] 14.98266 15.68029
[2,] 21.21827 21.91590
[3,] 18.34953 19.04716
[4,] 19.00186 19.69949
[5,] 15.39891 16.09654
[6,] 17.81705 18.51468
Eine Funktion zum Schreiben des Modells (unter der Annahme, dass die Daten von einer Normalen mit einem gemeinsamen Mittelwert und einer gemeinsamen Varianz stammen):
playmodel <- function(){
for (i in 1:50){
is.censored[i] ~ dinterval(t[i], lim[i,])
t[i] ~ dnorm(mu,tau)
}
mu ~ dnorm(0,.001)
tau ~ dgamma(.01,.01)
}
filename <- "toymod.bug"
write.model(toymod,filename)
Einige Funktionen und Zuweisungen für den Jags-Aufruf:
data <- list("lim"=lim)
inits <- list(mu=rnorm(1),tau=rgamma(1,.01,.01),t=as.vector(apply(lim,1,mean)))
#last part is to ensure the starting value is between the upper and lower limit
#each chain will start at the same place for t but this is just for this case
params <- c("mu","tau")
Und führen Sie das Modell aus:
playmodel.jags <- jags(data,inits, params, model.file="toymod.bug", n.chains=3,
n.iter=50000,n.burnin=30000, n.thin=1, DIC=TRUE,
working.directory=NULL,refresh = 50000/50, progress.bar = "text")
Was passiert, wenn ich das ausführe?
1) Meine Schätzung von mu schwebt genau um 0, wenn es 15 sein sollte
2) es wird nicht ausgeführt, wenn DIC = TRUE:
Fehler: "Fehler in jags.samples (model, variable.names, n.iter, thin, type =" trace ",: Trace-Monitor für Knotenabweichung konnte nicht festgelegt werden
Hinweis: Ich kann ein ähnliches Modell in OpenBUGS ausführen, indem ich die Zeile dinterval () weglasse und I (Lower, Upper) an dnorm anhänge.
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