OpenBugs vs. JAGS

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Ich werde eine Umgebung im BUGS-Stil ausprobieren, um Bayes'sche Modelle zu schätzen. Gibt es wichtige Vorteile bei der Auswahl zwischen OpenBugs oder JAGS? Wird das eine in absehbarer Zeit das andere ersetzen?

Ich werde den ausgewählten Gibbs-Sampler mit R verwenden. Ich habe noch keine spezifische Anwendung, sondern entscheide, welche ich installieren und lernen möchte.

r software bugs jags gibbs DanB
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ähnliche Frage: stats.stackexchange.com/q/33315/5509
Curious

Antworten:

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BUGS / OpenBugs verfügt über ein spezielles Build-System, das das Kompilieren des Codes auf einigen Systemen - wie Linux (und IIRC OS X), auf denen auf Windows-Emulation usw. zurückgegriffen werden musste - erschwert.

Jags hingegen ist ein völlig neues Projekt, das mit Standard-GNU-Werkzeugen geschrieben und daher praktisch überall portierbar ist - und daher überall verwendet werden kann.

Kurz gesagt, wenn Ihr System Windows ist, haben Sie die Wahl und die potenziellen Kosten, bei einem Umzug an Bugs festzuhalten. Wenn Sie nicht unter Windows arbeiten, ist Jags wahrscheinlich die bessere Wahl.

Dirk Eddelbüttel
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Unter Linux ist keine Window-Emulation erforderlich, die Shared Library kann direkt genutzt werden. Nur die GUI funktioniert nicht so, aber das sollte für DanB kein Problem sein, da sie es von R.
GaBorgulya am
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@GaBorgulya Trotzdem würde ich, wenn ich zwischen zwei Werkzeugen wählen würde, das Werkzeug wählen, das auf meinem gewählten System vollständig funktioniert.
Fomite
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Derzeit wird das Brugs Paket nicht auf 64 - Bit - Linux unterstützt wird , wie in der Dokumentation angegeben, und dies Probleme wie die zur Folge haben können , dass ich konfrontiert C zu kompilieren schlägt fehl , wenn sie versuchen , herauszufinden , wie plot.coda zu verwenden , mit der mcmc.list-Ausgabe von rjags in zwei Fragen auf dieser Site und SO , die unbeantwortet bleiben.
David LeBauer
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Für diejenigen, die diese Frage auf der Straße finden: Es gibt jetzt auch Stan . Stan könnte eines Tages OpenBUGS und JAGS ersetzen, unterstützt jedoch noch nicht alle Analysen, die diese anderen Pakete durchführen.

Jack Tanner
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Fast ein Jahr später dachte ich, ich würde das kommentieren. Die Entwickler scheinen engagiert zu sein und die Dinge, die sie hinzufügen wollen (Variationsinferenz!), Deuten alle darauf hin, dass Stan OpenBUGS und JAGS unweigerlich ersetzt. Davon abgesehen vertraue ich ihm im Moment nicht und würde ihn derzeit nur verwenden, wenn JAGS keine Option ist. Es scheint mehr Optimierungen zu erfordern , um vernünftige Ergebnisse bei komplizierten Problemen zu erzielen, anstatt weniger. Stan verwendet Gibbs-Sampling überhaupt nicht und bei Problemen, bei denen ich weiß, dass Gibbs funktioniert, kann ich es nicht rechtfertigen, es zu verwenden. Ich denke jedoch, dass diese Probleme in Zukunft gelöst werden.
Kerl
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@MattTagg Ich glaube nicht, dass sich meine Einschätzung geändert hat, aber ich bin kein Experte. Ich habe es viel benutzt und bin damit besser geworden, aber ich habe nicht mit all ihren Entwicklungen Schritt gehalten. Es gibt eine Reihe von Modellen, bei denen ich mir wünschte, ich könnte NUTS mit einfachen Gibbs-Sampling-Updates (eine Mischung aus JAGSund im STANWesentlichen) mischen , aber das scheint in naher Zukunft nicht in Sicht zu sein, STANobwohl dies mit Sicherheit möglich ist.
Kerl
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cool, gut zu wissen, danke. Wir werden die neue Ausgabe von "Doing Bayesian Data Analysis" mit Beispielen durcharbeiten, die in JAGS und STAN aktualisiert wurden.
Cavalcade
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Schauen Sie zurück, um den aktuellsten Vergleich von JAGS und STAN zu sehen. Welches ist jetzt besser und welches ist in Zukunft am wahrscheinlichsten besser?
Itpetersen
Es wurde eine Frage gestellt, in der um Hilfe gebeten wurde, ein Bugs-Modell nach stan zu übersetzen: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - Jede Hilfe wäre sehr dankbar.
Krantz
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Ich empfehle Ihnen aus Geschwindigkeitsgründen, über OpenBugs zu jammern. Ich habe beide auf einem Linux-System ausprobiert und Zacken ist viel schneller.

mra
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Dies kann jedoch problemspezifisch sein ...
Ben Bolker
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Ich finde, dass Jags unter Linux reibungsloser funktionieren und einfacher einzurichten sind, aber die von GeoBUGS unterstützten räumlichen Analysen derzeit nicht unterstützt werden. Also benutze ich OpenBUGS.

Astaines
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