Streudiagramm mit Kontur- / Wärmeüberlagerung

Ich habe dieses Diagramm in der Beilage eines kürzlich erschienenen Papiers gesehen und würde es gerne mit R reproduzieren. Es ist ein Streudiagramm, aber um die Überzeichnung zu korrigieren, gibt es Konturlinien, die entsprechend der "Hitze" blau bis rot gefärbt sind Überzeichnungsdichte. Wie würde ich das machen?

Hier ist meine Einstellung, bei der Basisfunktionen nur zum Zeichnen verwendet werden:

library(MASS)  # in case it is not already loaded 
set.seed(101)
n <- 1000
X <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))

## some pretty colors
library(RColorBrewer)
k <- 11
my.cols <- rev(brewer.pal(k, "RdYlBu"))

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z <- kde2d(X[,1], X[,2], n=50)

plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE)
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), lwd=2)
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],2)), bty="n")

Für ein ausgefalleneres Rendering sollten Sie sich ggplot2 und anschauenstat_density2d() . Eine andere Funktion, die ich mag, ist smoothScatter():

smoothScatter(X, nrpoints=.3*n, colramp=colorRampPalette(my.cols), pch=19, cex=.8)

Niemand hat dazu ggplot2 vorgeschlagen ??

library(MASS)
library(ggplot2)
n <- 1000
x <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))
df = data.frame(x); colnames(df) = c("x","y")

commonTheme = list(labs(color="Density",fill="Density",
                        x="RNA-seq Expression",
                        y="Microarray Expression"),
                   theme_bw(),
                   theme(legend.position=c(0,1),
                         legend.justification=c(0,1)))

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  geom_density2d(aes(colour=..level..)) + 
  scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  geom_point() + commonTheme

Welche erzeugt die folgenden:

Es können jedoch auch andere Aufgaben erledigt werden, wie zum Beispiel die folgenden:

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  stat_density2d(aes(fill=..level..,alpha=..level..),geom='polygon',colour='black') + 
  scale_fill_continuous(low="green",high="red") +
  geom_smooth(method=lm,linetype=2,colour="red",se=F) + 
  guides(alpha="none") +
  geom_point() + commonTheme

Welche erzeugt die folgenden: