Kann mir jemand ein gutes Workflow-Management-System (WMS) empfehlen, vorzugsweise in Python? Bisher habe ich GNU Make verwendet, aber es bringt eine Ebene der Komplexität mit sich, die ich vermeiden möchte. Ein gutes WMS sollte folgende Eigenschaften haben: Einfache Integration in...
Ich habe eine einfache Frage, die für Google wirklich schwierig ist (neben der kanonischen, was jeder Informatiker über Gleitkomma-Arithmetik wissen sollte ). Wann sollten Funktionen wie log1poder expm1anstelle von logund verwendet werden exp? Wann sollten sie nicht verwendet werden? Wie...
Ingenieure bestehen häufig darauf, lokal konservative Methoden wie das endliche Volumen, die konservative endliche Differenz oder diskontinuierliche Galerkin-Methoden zum Lösen von PDEs zu verwenden. Was kann schief gehen, wenn eine Methode verwendet wird, die lokal nicht konservativ ist? Okay,...
Als jemand, der einen BA in Physik hat, war ich etwas skandalisiert, als ich anfing, mit molekularen Simulationen zu arbeiten. Es war ein kleiner Schock zu entdecken, dass selbst die detailliertesten und rechenintensivsten Simulationen das Verhalten von Wasser nach ersten Prinzipien nicht...
Hintergrund: Ich denke, ich möchte vielleicht einen Code portieren, der Matrix-Exponentialvektor-Produkte mit einer Krylov-Subspace-Methode von MATLAB nach Python berechnet. (Insbesondere die expmvp- Funktion von Jitse Niesen , bei der ein in diesem Artikel beschriebener Algorithmus verwendet wird...
Das Journal of Computational Physics war in der Vergangenheit ein wichtiges Medium für die Computerwissenschaft, und ich habe es dort bereits veröffentlicht. Für diejenigen (wie mich), die den Elsevier-Boykott unterzeichnet haben , wären welche Nicht-Elsevier-Zeitschriften geeignete Orte, um...
Das Problem Ich arbeite derzeit an einer Finite-Elemente-Navier-Stokes-Simulation und möchte die Auswirkungen einer Vielzahl von Parametern untersuchen. Einige Parameter werden in einer Eingabedatei oder über eine Befehlszeile angegeben. Andere Parameter werden als Flags in einem Makefile...
Ich bin kürzlich auf eine Formulierung des Meta-Phänomens gestoßen : " Zwei ist einfach, drei ist schwer " (so formuliert von Federico Poloni), die sich wie folgt beschreiben lässt: Wenn ein bestimmtes Problem für zwei Entitäten formuliert wird, ist es relativ einfach zu lösen. Ein Algorithmus für...
Wenn ich eine quadratische invertierbare Matrix habe und ihre Determinante nehme und finde , bedeutet dies, dass die Matrix schlecht konditioniert ist?det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 Ist das Gegenteil auch wahr? Hat eine schlecht konditionierte Matrix eine Determinante von nahezu...
In der Version 3.0 des MPI-Standards wurde die C ++ - Schnittstelle formal gelöscht (sie war zuvor veraltet). Während Implementierungen dies möglicherweise weiterhin unterstützen, ist für die in MPI-3 neueren Funktionen keine C ++ - Schnittstelle im MPI-Standard definiert. Weitere Informationen...
Gibt es bekannte Probleme / Algorithmen im wissenschaftlichen Rechnen, die durch Parallelisierung nicht beschleunigt werden können? Beim Lesen von Büchern über CUDA scheint mir, dass die meisten Dinge möglich
In der Statistik und ihren verschiedenen Anwendungen berechnen wir häufig die Kovarianzmatrix , die (in den betrachteten Fällen) positiv bestimmt und für verschiedene Verwendungen symmetrisch ist. Manchmal benötigen wir die Inverse dieser Matrix für verschiedene Berechnungen (quadratische Formen...
Ich möchte eine dichte quadratische Übergangsmatrix direkt ändern, indem ich die Reihenfolge mehrerer Zeilen und Spalten mithilfe der Numpy-Bibliothek von Python ändere. Mathematisch entspricht dies einer Vormultiplikation der Matrix mit der Permutationsmatrix P und einer Nachmultiplikation mit P ^...
Ich kenne und habe f2py2e verwendet , um alten Fortran 77-Code zu verpacken, aber ich verstehe, dass es mit neuerem Fortran 95-Code nicht funktioniert. Ich habe recherchiert, was ich verwenden soll, und bin auf fwrap und G3 f2py gestoßen, von denen keine eine Erklärung für ihren aktuellen Status...
EDIT: Ich teste, ob irgendwelche Eigenwerte eine Größe von eins oder mehr haben. Ich muss den größten absoluten Eigenwert einer großen, spärlichen, nicht symmetrischen Matrix finden. Ich habe die R- eigen()Funktion verwendet, die den QR-Algo von entweder EISPACK oder LAPACK verwendet, um alle...
Eines der Hauptprobleme, mit denen wir uns in molekularen Simulationen befassen müssen, ist die Berechnung von entfernungsabhängigen Kräften. Wenn wir die Kraft- und Abstandsfunktionen einschränken können, um gerade Potenzen des Abstandes , können wir einfach das Quadrat des Abstandes r 2 = r ⋅ r...
Entwickler von Software haben die Wahl, eine geeignete Lizenz in Übereinstimmung mit den Zielen der Arbeit zu wählen. Kann jemand Empfehlungen / Erfahrungen geben, welche Lizenz für Software ausgewählt werden soll? Was sind die Vor- / Nachteile, wenn alle codierten Werke als Open-Source-Codes...
Ich bin mit den üblichen Diskretisierungsverfahren für PDEs nicht sehr vertraut. Ich weiß, dass Crank-Nicolson ein beliebtes Verfahren zur Diskretisierung der Diffusionsgleichung ist. Ist das auch eine gute Wahl für den Advektionssemester? Ich interessiere mich für die Lösung der...
Gibt es Tools, die speziell für die Komprimierung von wissenschaftlichen Gleitkommadaten entwickelt wurden? Wenn eine Funktion glatt ist, besteht offensichtlich eine große Korrelation zwischen den Zahlen, die diese Funktion darstellen, sodass die Daten gut komprimiert werden sollten. Das...
Was kann schief gehen, wenn mit vorkonditionierten Krylov-Methoden von KSP ( dem linearen Lösungspaket von PETSc ) ein spärliches lineares System gelöst wird, wie es durch Diskretisierung und Linearisierung partieller Differentialgleichungen erhalten wird? Welche Schritte kann ich unternehmen, um...