Ich muss einen Datensatz mit Daten zur klinischen Rehabilitation analysieren. Ich interessiere mich für hypothesengetriebene Beziehungen zwischen quantifiziertem "Input" (Therapiemenge) und Veränderungen des Gesundheitszustands. Obwohl der Datensatz relativ klein ist (n ~ 70), haben wir wiederholte Daten, die zeitliche Änderungen in beiden widerspiegeln. Ich bin mit der nichtlinearen Modellierung gemischter Effekte in R vertraut, interessiere mich jedoch für mögliche "kausale" Beziehungen zwischen Input und Output und erwäge daher Anwendungen von SEM mit wiederholten Messungen
Ich würde mich über Ratschläge freuen, wenn eines der SEM-Pakete für R (sam, lavaan, openmx?) Am besten für Daten mit wiederholten Messungen und insbesondere für Empfehlungen für Lehrbücher geeignet ist (gibt es ein "Pinheiro and Bates" auf diesem Gebiet?) .
Antworten:
Ich denke, Sie wollen ein Modell für latente Wachstumskurven. Obwohl ich nur dafür verwendet
LISREL
habe, zeigt daslavaan package documentation
an, dass es für diesen Modelltyp verwendet werden kann.Ich kenne keine Bücher, die sich auf dieses Thema spezialisiert haben. Das Buch, aus dem ich für SEM arbeite, behandelt eine Reihe von Methoden. Vielleicht kann jemand anderes diesen Aspekt Ihrer Frage beantworten.
quelle
lavaan
/ Mx mit Mplus zu vergleichen, werde ich selbst eine Antwort posten.Nein, es gibt kein "Pinheiro and Bates". Sie können eine Reihe von Büchern mit dem Titel "SEM using AMOS / LISREL / Mplus" finden, aber mir ist keine Verwendung von R bekannt. Das mathematisch beste Buch über SEM ist immer noch Bollen (1989) . Es wurde eher von einem Soziologen als von einem Biostatistiker geschrieben (obwohl sehr gut!) Und richtet sich daher an Sozialwissenschaftler. Es enthält nur wenige Verweise auf Software (und Sie möchten die Software sowieso nicht von vor einem Vierteljahrhundert). . Bollen hat kürzlich gemeinsam mit Judea Pearl ein gutes Papier über Kausalität verfasst, siehe http://ftp.cs.ucla.edu/pub/stat_ser/r393.pdf . Soweit ich das beurteilen kann, sollte Mulaik (2009) auch gut sein, aber es wurde von einem Psychologen für Psychologen geschrieben.
Ich denke nicht, dass das Sem-Paket flexibel genug ist, um solche Dinge auszuführen. OpenMx kann mit Ordnungsdaten (und damit binären Ergebnissen) umgehen, aber ich glaube nicht, dass Lavaan dies kann.
Die Software, mit der Sie konzeptionell am einfachsten umgehen können, ist möglicherweise GLLAMM , ein Paket, das für Stata geschrieben wurde . So gesehen ist dies im Wesentlichen eine Stata-Inkarnation von
nlme
. Mit einer zusätzlichen Optimierung (die es ermöglicht, dass die Koeffizienten der Zufallseffekte je nach den Werten anderer Variablen variieren) wird es zu einem Modellierungspaket für latente Variablen. Dies alles ist in Skrondal und Rabe-Hesketh (2004) beschrieben ... ein großartiges Buch an sich, das Sie selbst dann haben möchten, wenn Sie es einfach tunnlme
.quelle
gllamm
polychoric
zum Beispiel gemacht, als ich es brauchte.Da Sie mit verallgemeinerten linearen gemischten Modellen vertraut zu sein scheinen und nicht zu implizieren scheinen, dass Sie an latenten Variablen interessiert sind, möchten Sie möglicherweise einen stückweisen Ansatz wählen, mit
lmer
dem Sie dann mithilfe eines D-Sep-Tests bewerten können. Siehe Shipley, B. (2009). Bestätigungspfadanalyse in einem verallgemeinerten mehrstufigen Kontext. Ecology, Ecology, 90, 363–368. http://dx.doi.org/10.1890/08-1034.1 für ein Beispiel. Er gibt im Anhang auch den R-Code zur Berechnung des D-Separationstests an.Wenn Sie wirklich mit maximaler Wahrscheinlichkeit in die Modellierung latenter Variablen und SEM einsteigen möchten, lesen Sie http://lavaan.org - dort gibt es ein großartiges Tutorial, das seine Funktionen behandelt, sowie einen Abschnitt über Modelle latenter Wachstumskurven, die möglicherweise genau das sind du bist hinterher.
quelle