Null-aufgeblasenes negatives Binomial-Mischeffekt-Modell in R

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Gibt es ein solches Paket, das eine Null-Inflation-Modellschätzung für negative Binomial-Mixed-Effects in R vorsieht?

Damit meine ich:

  • Null-Inflation, bei der Sie das Binomialmodell für die Null-Inflation angeben können, wie in der Funktion zeroinfl im Paket pscl: 

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    wobei Z die Formel für das Nullinflationsmodell ist;

  • Negative Binomialverteilung für den Zählteil des Modells;

  • Zufällige Effekte angegeben ähnlich wie in Funktion lmer des Pakets lme4.

Ich verstehe, dass glmmADMB all das kann, außer dass die Formel für die Null-Inflation nicht spezifiziert werden kann (es ist nur ein Abschnitt, dh Z ist nur 1). Aber gibt es noch andere Pakete, die das alles können?

Ich werde für Ihre Hilfe sehr dankbar sein!

r mixed-model count-data negative-binomial zero-inflation Nikita Samoylov
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Ich suche das Gleiche. Ich denke, glmmADMB ist das, was ich will, aber ich kann es nicht zum Laufen bringen.
Gregmacfarlane
Ich frage mich , ob die ZIM oder AOD - Pakete können tun , was Sie tun wollen?
Graeme Walsh
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Als Update unterstützt das glmmTMB- Paket von Ben Bolker ein nicht aufgeblasenes generalisiertes lineares gemischtes Modell (ZIGLMM).
JWilliman

Antworten:

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Ich denke, das ist das Paket, das Sie brauchen: glmmADMB. Ich habe es hier heruntergeladen: http://otter-rsch.com/admbre/examples/glmmadmb/glmmADMB.html

Aber ich hatte immer noch einige Probleme, um es zum Laufen zu bringen, also habe ich die Anweisungen in diesem Link befolgt und jetzt funktioniert es einwandfrei http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/

Hoffe das hilft!

RocioC
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Beachten Sie, dass dieses Paket nur die Anpassung eines konstanten Terms für den Null-Inflations-Teil des Modells ermöglicht.
user2390246
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Das pscl- Paket bietet ein Poisson-Modell ohne Luftdruck . Ich glaube nicht, dass es ein negatives Binomialmodell geben kann, aber es könnte ein Anfang sein. Der verlinkte JSS-Artikel beschreibt auch verwandte Pakete, die Sie zu dem führen können, wonach Sie suchen.

Charlie
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Das pscl-Paket erlaubt (jetzt) ​​negative Binomialmodelle mitzeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246
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Je nachdem, was Sie versuchen, sollten Sie sich das Aster-Paket ansehen . Aster-Modelle ermöglichen die gemeinsame Analyse mehrerer Variablen mit unterschiedlichen Wahrscheinlichkeitsverteilungen und wurden kürzlich aktualisiert, um zufällige Effekte zu berücksichtigen . Sie wurden für die Analyse der Lebensgeschichte entwickelt und funktionieren in Situationen, in denen Sie Ihre Reaktion in verschiedene Teile mit unterschiedlichen Verteilungen aufteilen können (z. B. Überleben = Bernoulli, Reproduktion = Poisson). Sie können mit "Zero-Inflation" umgehen, indem sie die Mehrheit der Nullen als Bernoulli und den Rest der Antwort als negatives Binomial modellieren.

Hier finden Sie zahlreiche Dokumentationen:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

JohnSG
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