Mein Hintergrund liegt in der Genomik, aber ich habe kürzlich mit Problemen im Zusammenhang mit der Proteinstruktur gearbeitet. Ich habe einige relevante Programme in C geschrieben und dabei meinen eigenen PDB-Datei-Parser von Grund auf neu erstellt. Ich habe mir keine Gedanken darüber gemacht,...
Ich arbeite ziemlich stark in der mathematischen Biologie / Epidemiologie, wo der Großteil der Modellierungs- / Computerwissenschaftsarbeit immer noch von Sätzen von ODEs dominiert wird, zugegebenermaßen manchmal ziemlich ausgefeilten Sätzen von ihnen. Ein Pluspunkt dieser Modelle ist, dass sie...
Ich habe versucht, ein biologisch genaues räumliches 2D-Modell von Gewebeschichten zu erstellen, in dem verschiedene physiologische Prozesse ablaufen. Dies umfasst hauptsächlich chemische Reaktionen, Diffusion und Flüsse über Grenzen hinweg. Ich mache dieses Modell in COMSOL Multiphysics, einem...
Ich habe ein System gewöhnlicher Differentialgleichungen - 7 Gleichungen und ~ 30 Parameter, die ihr Verhalten als Teil eines mathematischen Modells der Krankheitsübertragung bestimmen. Ich würde gerne die stationären Zustände für diese Gleichungen Ändern finden , dx/dt = rest of the equationum 0 =...
Ich möchte den Einfluss von Solvatationsparametern in impliziten Solvatationsmodellen testen und mich fragen, welche Codes als eigenständige Programme für die Proteinfaltung kleiner Proteine frei verfügbar sind und welche Energieminimierungsansätze anstelle von Dynamik verwenden. Daher suche ich...