Ich habe den Molekulardynamik (MD) Code GROMACS ausgeführt auf einem Ubuntu-Linux-Cluster ausgeführt, der aus Knoten mit 24 Intel Xeon-CPUs besteht. Mein besonderes Interesse hat sich als etwas empfindlich für die arithmetische Gleitkommapräzision erwiesen, daher musste ich GROMACS mit doppelter...
Ich würde gerne wissen, ob es einen schnellen Weg gibt, den euklidischen Abstand zweier Vektoren in Oktave zu berechnen. Es scheint, dass es dafür keine spezielle Funktion gibt. Soll ich also einfach die Formel mit verwenden
Ich führe Molekulardynamik (MD) -Simulationen mit verschiedenen Softwarepaketen wie Gromacs und DL_POLY durch. Gromacs unterstützt jetzt sowohl den Partikelzerlegungs- als auch den Domänenzerlegungsalgorithmus . Standardmäßig verwenden Gromacs-Simulationen die Domänenzerlegung, obwohl bis vor...
Ich bin neu in der Molekulardynamik (MD) Simulation. Was ist die Komplexität einer Molekulardynamiksimulation in Bezug auf die Simulationszeit? Mit anderen Worten, wenn ich die simulierte Zeit von 10 Nanosekunden auf 20 Nanosekunden erhöhen möchte, was kann ich in Bezug auf die Laufzeiterhöhung...
In einem System, in dem theoretisch Energie gespart werden sollte, würde die genaueste Simulation Energie sparen (sowie genaue Positionen, Geschwindigkeiten usw. angeben). RK4 ist genauer als Bocksprung, aber Bocksprung spart Energie und RK4 nicht. Warum ist
Ich führe zu Testzwecken molekulardynamische Simulationen von Wasser durch. Die Box ist ziemlich klein, wenn Sie einen Mann mit klassischer MD fragen, und relativ groß, wenn Sie einen DFT-Mann fragen: Ich habe 58 Wassermoleküle unter periodischen Randbedingungen. Um CPU-Zeit zu sparen, optimiere...
Ich versuche MD mit Wasserdampf zu machen. Wie ich weiß, gibt es einige Wassermodelle für flüssiges Wasser, wie SPC, SPC / E, TIP3P, aber gelten sie auch für den Dampfzustand von Wasser? Und was ist der Unterschied zwischen Simulationen von flüssigem und dampfförmigem
Ich versuche, einige Kraftfeldparameter in einem molekularen Rahmen zu optimieren, damit das Ergebnis der Simulation der experimentellen Struktur so nahe wie möglich kommt. In der Vergangenheit habe ich einen genetischen Algorithmus geschrieben, bei dem ich den Parameterraum im Wesentlichen...