Ich plane, mit Multigrid einige Eigenwerte und Vektoren zu berechnen, und mir ist aufgefallen, dass PETSc Multigrid auf hohem Niveau unterstützt. Die PETSc-Dokumentation besagt, dass dieser Teil von PETSc nicht verwendet werden sollte, da er bald ersetzt wird. Welche anderen Bibliotheken...
Unsere Arbeitsgruppe erstellt eine Desktop-Anwendung, die die Gesamtenergieeffizienz von Gebäuden simuliert. Es ist eine .NET-Anwendung, und wenn der Benutzer viele Simulationen ausführt, kann dies recht zeitaufwändig sein. Die Simulationen sind vollständig parallelisierbar, und wir verfügen über...
Da sich diese Frage auf die Berechnung bezieht, habe ich mich entschlossen, hier zu posten. Hoffentlich wird es als angemessen angesehen. Ich habe gerade angefangen, atmosphärische und ozeanische Modelle zu verwenden, und mir ist klar, dass ich mehr Kerne, Speicher und Speicherplatz benötige als...
Ich würde gerne wissen, ob es einen schnellen Weg gibt, den euklidischen Abstand zweier Vektoren in Oktave zu berechnen. Es scheint, dass es dafür keine spezielle Funktion gibt. Soll ich also einfach die Formel mit verwenden
Ich bin in einem Bereich tätig, der nicht unbedingt viel HPC-Arbeit leistet, und wenn er auftritt, ist er oft das Ergebnis von Forschern aus anderen Bereichen, die nach neuen Anwendungen für ihre Methoden und dergleichen suchen. Dies bedeutet in erster Linie, dass es im Laufe des Studiums nie...
Ich benutze Valgrind + Callgrind, um einen von mir geschriebenen Solver zu profilieren. Wie im Valgrind-Benutzerhandbuch angegeben, habe ich meinen Code mit den Debugging-Optionen für den Compiler kompiliert: "Ohne Debugging-Informationen können die Valgrind-Tools nur raten, zu welcher Funktion...
Was ich an MPI am wenigsten mag, ist der Umgang mit Datentypen (dh Datenmaps / Masken), weil sie nicht so gut zu objektorientiertem C ++ passen. boost::mpiunterstützt jedoch nur MPI 1.1 von ihrer Website: boost :: mpi ist eine C ++ - freundliche Schnittstelle zur Standardschnittstelle für die...
Ich habe einen PETSc Matund möchte seine Kondition
Meine Forschungsgruppe konzentriert sich auf die Molekulardynamik, die offensichtlich als Teil einer einzelnen Flugbahn Gigabyte an Daten erzeugen kann, die dann analysiert werden müssen. Einige der Probleme, mit denen wir uns befassen, betreffen Korrelationen im Datensatz. Dies bedeutet, dass wir...
Wo immer ich es gesehen habe, sagen PETSc-Tutorials / -Dokumente usw., dass es für die lineare Algebra nützlich ist und normalerweise angibt, dass spärliche Systeme davon profitieren. Was ist mit dichten Matrizen? Ich mache mir Sorgen, für dichtes A zu lösen .Ax=bAx=bAx=bAAA Ich habe meinen...
Ich habe mit PETSc herumgespielt und festgestellt, dass mein Programm, wenn ich es mit mehr als einem Prozess über MPI ausführe, noch langsamer zu laufen scheint ! Wie kann ich überprüfen, was los
Frage: Mit welchen Methoden kann die Sparsity-Struktur einer Finite-Elemente-Matrix genau und effizient berechnet werden? Info: Ich arbeite an einem Poisson-Druckgleichungslöser nach der Methode von Galerkin auf quadratischer Lagrange-Basis, geschrieben in C, und verwende PETSc für die Speicherung...
Die Funktion hat eine Singularität in der Nähe von . Diese Singularität kann jedoch aufgehoben werden: für sollte man , da Und damit Die Form ist jedoch nicht nur bei nicht definiert ist es in der Nähe dieses Punktes auch numerisch instabil; Um für sehr kleine numerisch zu berechnen, könnte man...
Das Fazit hier: Wie viel besser sind Fortran-Compiler wirklich? ist, dass gfortran und gcc für einfachen Code genauso schnell sind. Also wollte ich etwas komplizierteres ausprobieren. Ich nahm das Spektralnorm-Shootout-Beispiel. Ich berechne zuerst die 2D-Matrix A (:, :) und dann die Norm. (Ich...
Normalerweise schreibe ich seriellen Code, und wenn ich das tue, schreibe ich Komponententests mit einem Testframework im xUnit-Stil (MATLAB xUnit, PyUnit / nose oder Googles C ++ - Testframework). Basierend auf einer flüchtigen Google-Suche habe ich nicht viel darüber gesehen, wie Praktiker...
Fallstudien in meiner Doktorarbeit setzen voraus, dass ich in CHEMKIN-II Intervall-Erweiterungen von Fortran-Subroutinen habe (entschuldigt den Link; es ist das Beste, was ich für ein Paket finden konnte, das nicht mehr vom Sandia National Laboratory vertrieben wird). CHEMKIN-II ist ein...
Bei Anwendungen, die erhebliche Rechenressourcen erfordern, kann eine hohe Leistung ein entscheidender Faktor sein, wenn es darum geht, wissenschaftliche Ergebnisse zu liefern oder in angemessener Zeit "Durchbrüche" zu erzielen. Wie viel Zeit und Aufwand sollten Softwareentwickler in die...
Ich habe das Buch Computersimulation von Flüssigkeiten von Allen und Tildesley gelesen . Ab Seite 71 diskutieren die Autoren die verschiedenen Algorithmen, mit denen Newtons Bewegungsgleichungen in Simulationen der Molekulardynamik (MD) integriert werden. Ab Seite 78 diskutieren die Autoren den...
Ich habe GSL als Grundlage für viele meiner Simulationen verwendet, aber es ist für meine Zwecke ein bisschen übertrieben und es definiert seinen eigenen komplexen Typ aus Legacy-Gründen. Anstatt meinen eigenen Runge-Kutta-ODE-Solver zu programmieren, der wahrscheinlich nicht sehr effizient wäre,...
Ich muss das gleiche dünne lineare System (300x300 bis 1000x1000) mit vielen rechten Seiten (300 bis 1000) lösen. Zusätzlich zu diesem ersten Problem möchte ich auch verschiedene Systeme lösen, aber mit denselben Nicht-Null-Elementen (nur unterschiedlichen Werten), das sind viele spärliche Systeme...